使用gmx gyrate指令生成蛋白配体复合物backbone的回旋半径图后图像不完整？

12313 · 发表于 Post on 2024-5-3 20:21:42

想问一下大家，我进行的是模拟100ns的蛋白配体复合物体系，但是生成Rg数据图不知道为什么不完整，只显示了不到40ns的部分

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-3 23:18:24

先确保当前轨迹就是完整的，诸如用VMD载入、用gmx check查看，并且注意看gmx gyrate的提示。

12313 · 发表于 Post on 2024-5-4 17:23:03

sobereva 发表于 2024-5-3 23:18
先确保当前轨迹就是完整的，诸如用VMD载入、用gmx check查看，并且注意看gmx gyrate的提示。

轨迹是完整的，老师，因为我用gmx rms 指令对xtc文件生成xvg文件后，生成的rmsd数据图就是100ns的，但是不知道为什么用gmx gyrate却是这样

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-4 17:30:13

12313 发表于 2024-5-4 17:23
轨迹是完整的，老师，因为我用gmx rms 指令对xtc文件生成xvg文件后，生成的rmsd数据图就是100ns的，但是 ...

远程说不清楚。可以改用vmd提供的gyrate计算功能来代替（手册里搜gyrate）

12313 · 发表于 Post on 2024-5-4 19:27:21

sobereva 发表于 2024-5-4 17:30
远程说不清楚。可以改用vmd提供的gyrate计算功能来代替（手册里搜gyrate）

好的，我试试，谢谢老师

12313 · 发表于 Post on 2024-5-4 19:36:40

sobereva 发表于 2024-5-4 17:30
远程说不清楚。可以改用vmd提供的gyrate计算功能来代替（手册里搜gyrate）

老师，手册该从哪里找呀

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-5 23:43:58

12313 发表于 2024-5-4 19:36
老师，手册该从哪里找呀

VMD安装完了，在安装目录下doc目录里直接能找到user guide

12313 · 发表于 Post on 2024-5-7 15:16:04

sobereva 发表于 2024-5-5 23:43
VMD安装完了，在安装目录下doc目录里直接能找到user guide

好的，谢谢老师

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[GROMACS] 使用gmx gyrate指令生成蛋白配体复合物backbone的回旋半径图后图像不完整？