分子模拟准备protease的拓扑文件报错

MOI_001

报错内容：

Fatal error:
Residue 3 named LEU of a molecule in the input file was mapped
to an entry in the topology database, but the atom CD2 used in
that entry is not found in the input file. Perhaps your atom
and/or residue naming needs to be fixed.
查找pdb中对应内容：
ATOM     29  N   LEU A   5      28.311  -5.823 -22.825  1.00 12.94
ATOM     30  CA  LEU A   5      28.554  -7.039 -22.077  1.00 11.13
ATOM     31  C   LEU A   5      27.658  -8.143 -22.506  1.00 10.18
ATOM     32  O   LEU A   5      26.455  -7.948 -22.723  1.00 12.08
ATOM     33  CB  LEU A   5      28.364  -6.789 -20.554  1.00 14.64
ATOM     34  CG  LEU A   5      29.277  -5.734 -20.004  1.00 17.62
ATOM     35  CD1 LEU A   5      28.919  -5.574 -18.552  1.00 21.16
ATOM     36  CD1 LEU A   5      30.727  -6.122 -20.171  1.00 21.23
ATOM     37  H   LEU A   5      27.501  -5.542 -22.762  1.00 99.99
ATOM     38  HA  LEU A   5      29.470  -7.322 -22.223  1.00 99.99
ATOM     39  HB1 LEU A   5      27.450  -6.505 -20.395  1.00 99.99
ATOM     40  HB2 LEU A   5      28.541  -7.615 -20.076  1.00 99.99
ATOM     41  HG  LEU A   5      29.122  -4.892 -20.461  1.00 99.9
查找rpt文件对应内容：

[ LEU ]
[ atoms ]
     N    N           -0.41570     1
     H    H            0.27190     2
    CA    CT          -0.05180     3
    HA    H1           0.09220     4
    CB    CT          -0.11020     5
   HB1    HC           0.04570     6
   HB2    HC           0.04570     7
    CG    CT           0.35310     8
    HG    HC          -0.03610     9
   CD1    CT          -0.41210    10
  HD11    HC           0.10000    11
  HD12    HC           0.10000    12
  HD13    HC           0.10000    13
   CD2    CT          -0.41210    14
  HD21    HC           0.10000    15
  HD22    HC           0.10000    16
  HD23    HC           0.10000    17
     C    C            0.59730    18
     O    O           -0.56790    19
发现pdb文件中包含对应的CD2，但好像编号不对，请问可以用什么方法修复吗？

Liota

你的命令后面是否加了-ignh，如果没有加，默认还是PDB文件中的编号