CGenFF生成有机小分子拓扑文件问题

fanzhihua · 发表于 Post on 2022-11-2 22:50:41

在使用CGenFF在线生成网站时，出现了报错
保存str文件后运行

pythoncgenff_charmm2gmx_py3_nx2.py jz4 jz4_fix.mol2 jz4.str charmm36-jul2022.ff后出现错误

dlm · 发表于 Post on 2023-10-1 17:26:48

小分子的ID号写一下，中间不要加空格

dlm · 发表于 Post on 2023-10-1 17:38:42

你好，我对cgenff也有问题，我想问一下，我的mol2文件在pymol和薛定谔中都显示正常，但是生成str没有bonds信息，生成的pdb没有双键结构。请问是哪里有问题吗

amdno · 发表于 Post on 2024-5-9 11:26:46

dlm 发表于 2023-10-1 17:38
你好，我对cgenff也有问题，我想问一下，我的mol2文件在pymol和薛定谔中都显示正常，但是生成str没有bonds ...

你好，你了解如何生成具有双键的小分子的charmm36力场的结构文件吗

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[GROMACS] CGenFF生成有机小分子拓扑文件问题