使用genmer生成团簇初始构型遇到的问题

15whyhq · 发表于 Post on 2016-8-6 13:23:41

genmer：生成团簇初始构型的超便捷工具
使用这个工具时可以这样吗？比如我想要生成3分子的团簇，然后我让这个工具生成6分子的团簇然后我把这个坐标复制下来后，看看6分子的团簇构型然后我再把其余跑的比较远的3分子去掉，重新保存坐标优化3分子的构型，这样做合理吗？
谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2016-8-6 19:54:06

可以。
不过与其这样还不如一次就产生一大堆三分子团簇，提出那些构性比较好的来进一步优化

15whyhq · 发表于 Post on 2016-8-6 21:30:39

老师，我还有个问题，就是生成多少个团簇才合理吗？比如说我要三分子的团簇，我可以让它生成10个或者30个，那是不是无论多少个都可以从找中找到使其优化然后能量最低的呢？让它生成多少个团簇，然后从中挑出来优化构型比较合理呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-8-7 06:27:26

15whyhq 发表于 2016-8-6 21:30
老师，我还有个问题，就是生成多少个团簇才合理吗？比如说我要三分子的团簇，我可以让它生成10个或者30个， ...

没有生成多少才合理这一说，看研究目的，以及分子结构。
如果你要找能量最低的三聚体状态，生成并优化的三聚体数目越多，找到能量最低状态的几率越大。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-11-24 09:58:35

这个工具可以筛选单分子（单分子的离子液体）吗？谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-24 11:22:10

15whyhq 发表于 2016-11-24 09:58
这个工具可以筛选单分子（单分子的离子液体）吗？谢谢

什么叫筛选？

15whyhq · 发表于 Post on 2016-11-24 12:21:05

用genmer生成单分子的离子液体的构型可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-24 16:59:25

15whyhq 发表于 2016-11-24 12:21
用genmer生成单分子的离子液体的构型可以吗？

单分子应当用gentor而不是genmer

15whyhq · 发表于 Post on 2016-11-28 17:09:28

老师，对于我这个单分子的离子液体也可以用gentor来搜索分子构象吗？离子液体的阳离子与阴离子不成键。

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