gromacs用pdb2gmx时报错

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-3-25 21:53:24

在用gromacs模拟不同ph对蛋白质构像的影响时，使用gmx pdb2gmx -f 3npo.pdb -o 3npoprocessed.gro -water spc -inter 进行了质子化处理，处理结束用默认的方法进行封端，但是最后报错是因为什么原因呀？下面是我的截图，麻烦各位老师帮忙解答一下。十分感谢

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-3-25 23:17:53

-ignh

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-3-26 11:02:57

喵星大佬发表于 2024-3-25 23:17
-ignh

请问是在这段代码”gmx pdb2gmx -f 3npo.pdb -o 3npoprocessed.gro -water spc -inter ”后面加-ignh嘛？我想模拟pH对蛋白结构的影响，加-ighn会不会影响质子化结果呀？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-3-26 11:19:52

你没看常pH的手册么？所有可滴定位点全部按照质子化的去加H，让程序自己加

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-3-26 13:07:41

喵星大佬发表于 2024-3-26 11:19
你没看常pH的手册么？所有可滴定位点全部按照质子化的去加H，让程序自己加

可以麻烦分享一下手册嘛？

刘梦琪 · 发表于 Post on 2024-3-26 16:59:07

我看看见有的帖子说可能是由于pdb文件里面的命名方式与gromacs里面的.rtp文件命名方式不对，于是我将pdb文件中的所有HB3换成了HB1，然后就跑通了。想请问这样的更换对后面有影响吗？

还有一个疑问就是我的这个pdb文件来源于薛定谔pH处理后的文件，我试了一下如果用原始下载的pdb文件来运行相同的命令时，就跑通了。请问是这一步薛定谔处理对命名方式造成影响了吗？请问有其他软件或者在线网站调完ph之后可以直接生成gromacs可以识别的pdb文件吗？

Liota · 发表于 Post on 2024-5-13 20:14:25

刘梦琪发表于 2024-3-26 16:59
我看看见有的帖子说可能是由于pdb文件里面的命名方式与gromacs里面的.rtp文件命名方式不对，于是我将pdb文 ...

是的，有些软件处理后的PDB文件并不符合IUPAC命名

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