寻求Gromacs模拟蛋白质偶联高聚物MD的建模建议

莫落 · 发表于 Post on 2022-5-10 16:12:31

想用Gromacs模拟蛋白质和一个高聚物的相互作用，但这个高聚物是共价偶联在蛋白上的（知道偶联位点），同志们有没有建模的建议。

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2022-5-10 18:32:57

挖出相邻的两个残基用氢封端然后计算

Yoyo酱 · 发表于 Post on 2022-5-11 12:54:31

请问解决了吗？我也遇到同样的问题

sobereva · 发表于 Post on 2022-5-11 17:47:19

没具体细节没法说
什么前提都没有，只能让你先把蛋白质和聚合物分别建模，在拓扑文件里体现共价结合对应的力场项，然后做能量极小化，看得到的结构是否大致合乎期望

莫落 · 发表于 Post on 2022-5-13 14:52:01

和图片里的结构类似，蛋白巯基上的S和高聚物形成二硫键连在一起了，目前建模方面还没有思路

k64_cc · 发表于 Post on 2022-5-13 17:53:44

共价结合在Amber里有比较详细的流程，你甚至可以找到tutorial。
原则上整套体系都可以用ambertools做出来，之后只需要转成GMX的拓扑文件即可。

莫落 · 发表于 Post on 2022-5-23 20:42:20

k64_cc 发表于 2022-5-13 17:53
共价结合在Amber里有比较详细的流程，你甚至可以找到tutorial。
原则上整套体系都可以用ambertools做出来 ...

感谢您的回复，我去找找教程

Mary_p · 发表于 Post on 2024-10-17 15:11:29

莫落发表于 2022-5-23 20:42
感谢您的回复，我去找找教程

您好，您的问题解决了吗？ambertools可以做出来吗？我也有类似的问题，希望得到您的回复

莫落 · 发表于 Post on 2024-11-29 09:56:24

Mary_p 发表于 2024-10-17 15:11
您好，您的问题解决了吗？ambertools可以做出来吗？我也有类似的问题，希望得到您的回复

没啥好办法，分开计算了

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