在模拟过程中压力和盒子的大小变化浮动很大

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各位老师同学好，我在模拟甲烷在溶剂当中的溶解度，在正式的模拟之前，我先进行了能量最小化，然后先用npt模拟了1ns，热浴和压浴分别为V-rescale 和berendsen，然后又跑了2ns的nvt，使用的热浴也是V-rescale，最后进行了正式的模拟，使用的mdp文件如下：

integrator  = md      
nsteps      = 25000000     
dt          = 0.002     
; Output control
nstxout     = 1000     
nstvout     = 1000      
nstenergy   = 1000     
nstlog      = 1000      
; Bond parameters
continuation            = no   
constraint_algorithm    = lincs   
constraints             = h-bonds
lincs_iter              = 1      
lincs_order             = 4   
; Neighborsearching
cutoff-scheme   = Verlet
ns_type         = grid     
nstlist         = 10      
rcoulomb        = 1.4      
rvdw            = 1.4   
; Electrostatics
coulombtype     = PME      
pme_order       = 4      
fourierspacing  = 0.12     
; Temperature coupling is on
tcoupl      = Nose-Hoover         
tc-grps     =system   
tau_t       = 0.4               
ref_t       = 253
           
; Pressure coupling is off
pcoupl              = Parrinello-Rahman   
pcoupltype          = isotropic         
tau_p               = 2.0            
ref_p               = 10                 
compressibility     = 4.5e-5            
refcoord_scaling    = no
; Periodic boundary conditions
pbc     = xyz     
DispCorr    = EnerPres  
gen_vel     = no   

发现其压力和盒子的大小变化浮动很大，平均压力达到了30bar。想问一下是参数设置的不正确嘛？希望大家可以给予一些建议。
  

sobereva

正常现象
越小的体系压力波动就倾向于越大。只需要关注平均值。对凝聚相体系，由于可压缩系数极低，即便和参考压力看似相差不小也没什么实际问题

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sobereva 发表于 2024-5-16 20:24
正常现象
越小的体系压力波动就倾向于越大。只需要关注平均值。对凝聚相体系，由于可压缩系数极低，即便和 ...

sob老师您好，我在模拟跑到大概14ns的时候出现报错了。

Fatal error:
2 particles communicated to PME rank 17 are more than 2/3 times the cut-off
out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension y.
This usually means that your system is not well equilibrated.

发现盒子突然变的非常大，从之前的4nm变长变为了30nm，最后直接到了100多nm，因为我这也不是模拟初期了，已经模拟了10几ns了，想问一下这种情况应该如何做？我是否可以把突变之前的某帧拿出来继续跑一下平衡，然后继续模拟？

sobereva

1367 发表于 2024-5-17 10:23
sob老师您好，我在模拟跑到大概14ns的时候出现报错了。

发现盒子突然变的非常大，从之前的4nm变长变为 ...

用Berendsen或c-rescale压浴。后者可以完全取代PR压浴，正如同v-rescale热浴已经完全取代了Nose-Hoover热浴