调整ligpargen生成的itp文件中原子顺序的脚本

Puying

使用ligpargen的时候，生成的pdb和自己上传的pdb原子顺序会不一致。即便是同一个pdb文件，不同时间生成的力场文件，原子顺序也会改变。
这里写了一个bash脚本，可以根据自己的pdb文件原子的顺序调整拓扑文件中的原子顺序。生成新的itp文件里面的原子顺序就和自己的pdb中的原子顺序一致了。

提供三个文件，ligpargen的itp和pdb，以及自己的pdb。
使用的前提是，自己的pdb分子和ligpargen的pdb分子，两个分子需要最大程度上重合，因为脚本是利用判断原子间距来确定原子序号的。一般来说，ligpargen生成的pdb分子位置和自己上传的pdb分子的位置不会有很大移动，只是顺序变了。但是偶尔也会位移很多，所以要自己check。

如果不重合，可以利用建模软件调整自己的pdb分子的坐标，使自己的pdb和ligpargen的pdb原子重合。
这里不需要原子坐标完全一致，只要肉眼上是重合的就行，或者距离很近也可以。

里面需要调整的参数，主要是一些行号，比如bond部分的行号范围，angle部分的行号范围等等。还要确保pdb中xyz坐标是第几列，以便调整脚本使之正常工作。写的脚本不是很智能化，但是自己调整是最保险的。

一定要仔细阅读注释，我都做了相应标注。如果理解bash脚本的内容就更好了了，出错了可以自己及时调整脚本内容。
用到的命令无非是awk、sort和sed这些。理解起来不难。

Use at your own risk!!

wanglulu

还有一种比较水的办法。1. 在可视软件中把两个分子移动至最大重合，并保存最新坐标下的结构为xyz格式。 2.在excel里面按照元素升序或者降序排序，并拓展区域。3. 每个元素里面还要继续排序，并拓展区域。 4.把排序后的xyz粘贴回去。 5. 这两个分子的每个原子的顺序差不多能对上了。