是否有可以推荐的优化分子力场参数的好用工具

jackie

最近在做调力场参数的工作，因为调参数是个既复杂又费时的工作，暂且先不想自己写程序完成这部分工作。于是网上搜索了一下看有没有界面比较友好且又容易上手的优化分子力场参数的工具。目前搜到几个现有的工具，如下(欢迎补充)：

(1) 链接：http://www.aeontechnology.com/index.php
Direct Force Field(DFF), TEAMFF
网站上提及DFF力场，这个力场可能不太被推广所以之前没有听说过。这个工具应该是使用TEAMFF程序通过拟合QM或实验数据来拟合参数。
但是貌似不是开源的，没有用过，所以有没有人用过这个工具？好不好用？

(2) ParamFit
这个是Amber程序里的调参程序。
但是我没怎么用过Amber程序，对里面的细节不清楚。这个ParamFit program是包含在AmberTools里可直接拿来用还是包含在Amber程序里的？用起来效果如何，是否容易上手？

(3) ForceFit

DOI 10.1002/jcc.21523， 文献里说该程序已经整合到DL_POLY, Amber, and LAMMPS这三个MD模拟软件中；
源程序下载：https://aclark.chem.wsu.edu/software-downloads/
准备下载试一下，也有没有人用过这个工具呢？HOW？

puzhongji

(1) FitFF：optimize force field parameters in the Amber framework.
reference:
Amber compatible parameterization procedure for peptide-like compounds: application to
1,4- and 1,5-substituted triazole-based peptidomimetics
Antoine Marion,1 Jerzy Góra,2,3 Oliver Kracker,2 Tanja Fröhr,2 Rafał Latajka,3
Norbert Sewald,2,* and Iris Antes1,*
J. Chem. Inf. Model, 2017,....

(2)  playmolecule系列工具之：Parameterize is a fast and accurate force field (FF) parameterization tool based on neural network potentials (NNPs), which are trained to predict QM energies.

(3) Hess2ff; Hess2ff is a script using Seminario method to calculate bonding force constant through diagonalization of hessian matrices obtained from Gaussian frequency calculation output. This script create amber format forcefield parameters file directly which can be used later in leap module of amber as an input file.

(4) Amber中的CartHess2FC.py program，It is designed to get the force constant from Hessian Matrix based on Seminario method.

sobereva

MCPY.py
parfit
ffTK
QuickFF
QUBEKit
VFFDT
GAAMP

bobosiji

sobereva 发表于 2020-6-2 18:16
MCPY.py
parfit
ffTK

MedeA里有个 ff optimizer如何？

sobereva

bobosiji 发表于 2020-6-2 18:53
MedeA里有个 ff optimizer如何？

我从来不用MedeA
那玩意打0.1折我也不买

Caroline2022

TEAMFF是孙淮老师开发的用于硅烷体系的力场，不开源，好像只有M$支持，我以前通过创腾询问过，买的话很贵，且不提供任何技术支持
Sob老师开发的Sobtop应该可以做力场拟合的工作，我也正在学习

howlfwq

qubekit 全程自动化，键长到电荷都可以优化，也可以有选择性地优化某一模块，感觉挺好用的

hyl22

sobereva 发表于 2020-6-2 18:16
MCPY.py
parfit
ffTK

请问老师知道如何将QuickFF最后生成的力场文件转到lammps里面运行呢？

gingaorb

这里推荐一个FFParam，2019年发布，2024年，今年迎来了版本v2的更新，下面放上该软件包的官网网址，和三篇相关论文的链接：
https://ffparam.silcsbio.com/
https://www.x-mol.com/paper/6033170/t?recommendPaper=5858848
https://www.x-mol.com/paper/1750 ... ommendPaper=6033170
https://www.x-mol.com/paper/1763296581729882112/t