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[VMD] vmd显示轨迹文件的二级结构出错

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使用gmx trjconv将蛋白和配体xtc轨迹提出,然后用pymol将pr.gro文件删除水分子以及平衡电荷的Na并保存为pdb,将轨迹导入之后,无法判定二级结构。

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发表于 Post on 2024-5-22 15:22:40 | 只看该作者 Only view this author
毫无理由牵扯到pymol
轨迹文件用trjconv保留哪些部分,gro文件也用trjconv处理保留哪些部分,使得新的gro和新的轨迹文件对应。之后VMD直接载入gro文件、轨迹文件就完了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-22 17:27:49 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-22 15:22
毫无理由牵扯到pymol
轨迹文件用trjconv保留哪些部分,gro文件也用trjconv处理保留哪些部分,使得新的gro ...


老师这边显示不能单独处理结构文件。

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发表于 Post on 2024-5-23 03:00:56 | 只看该作者 Only view this author
lxhpdx 发表于 2024-5-22 17:27
老师这边显示不能单独处理结构文件。

加上-s指定tpr文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-23 08:36:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-5-23 03:00
加上-s指定tpr文件

问题已解决谢谢老师

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