求助如何模拟不同pH下的氨基酸表活剂

baixiaoxuan

自主设计了一种氨基酸型表活剂，想要在不同pH下模拟。现在的思路是：确定特定pH下-COOH和-NH2的带电状态。计算出pKa，通过pH和pKa计算离子和分子的浓度比。按照此比例在盒子中放置离子态和分子态氨基酸表活剂，加抗衡离子平衡电荷后开始跑模拟。
现在有几个问题：
1、此思路是否合理？不合理的化正确思路是怎样的呢？
2、特定pH下-COOH和-NH2的带电状态如何判断？
3、等电点时氨基酸不带电，可能存在自身内盐和两基团均不带电的两种分子。那自身内盐和不带电分子的比例该如何设置？或者不用考虑自身内盐情况？