计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1128|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 用sobtop和LigParGen制作的有机小分子的拓扑文件没有任何参数

[复制链接 Copy URL]

10

帖子

0

威望

67

eV
积分
77

Level 2 能力者

本帖最后由 pg-zhd 于 2024-5-18 16:04 编辑

这是我用sobtop制作的top文件。我用的分子是二氯甲烷
这是制作top文件的方法

我刚学gromacs还有很多地方不懂,希望大佬能帮忙指点一下!!
感谢感谢!!

dcm.mol2

590 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 0

.mol2文件

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125150

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-5-19 00:14:22 | 只看该作者 Only view this author
都不知道你想问什么。拓扑信息不就在sobtop产生的itp文件里

如果拓扑文件基本常识都没有话,强烈建议完整系统性学学基础知识:北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)。这些基本常识不是靠网上答疑来学的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 05:08 , Processed in 0.163432 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list