NPT模拟过程中崩溃，盒子变成几百纳米大

wangs · 发表于 Post on 2023-11-2 16:30:57

本帖最后由 wangs 于 2023-11-2 19:37 编辑

各位老师好，我的体系是镁铝层状双金属氢氧化物（LDH）在0.5mol/l氯化钠中的模拟，初始模型如下：

，中间为LDH，两侧为0.5mol/l的NACL,力场为Clyaff，通过将clayff力场添加到sobtop力场库中，生成了ldh的拓扑文件，原子电荷为REPEAT电荷，能量最小化后进行了450K下的NVT模拟，然后是300K下的NPT模拟，在npt模拟过程中，出现如下报错

，并且结构也崩溃了，

，报错原因感觉是拓扑文件的原因，但是不知道哪里出错，各位老师可以帮我看一下吗？这个问题困扰我将近一个月了。（其中的冻结组设置为LDH片层，LDH层间插层CL离子并不冻结）

test.zip (7.38 MB, 下载次数 Times of downloads: 10)

cgy · 发表于 Post on 2024-7-23 16:18:09

您好，请问如何将clayff力场添加到sobtop力场库，谢谢您

wangs · 发表于 Post on 2024-7-29 21:19:36

cgy 发表于 2024-7-23 16:18
您好，请问如何将clayff力场添加到sobtop力场库，谢谢您

按照sobtop官网提示即可，挺简单的，注意单位

cgy · 发表于 Post on 2024-7-31 09:38:02

wangs 发表于 2024-7-29 21:19
按照sobtop官网提示即可，挺简单的，注意单位

好的，谢谢您，我尝试一下

weimin6919 · 发表于 Post on 2024-8-1 19:18:55

freezegrps = LDH
freezedim = N Y Y
为什么有一个方向没冻结，此外冻结和压浴一起使用往往都会报错，建议使用限制势固定

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[GROMACS] NPT模拟过程中崩溃，盒子变成几百纳米大