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[VMD] 如何用vmd对动态的氢键进行分析计算?

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能否用vmd中的hydrogen bonds氢键插件计算一个动态模拟过程中氢键的变化呢?例如能否计算用gromacs模拟纤维素溶解过程中氢键的变化呢?
希望老师和同学们帮忙解答,感谢!

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发表于 Post on 2018-10-14 00:31:04 | 只看该作者 Only view this author
VMD的氢键插件可以考察选定的两个组之间氢键数目随时间的变化,gmx自带的hbond工具也同样可以分析
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-14 15:55:40 | 只看该作者 Only view this author
好的老师,我现在可以用hbonds计算出某个状态的氢键数目,但是不会计算一个模拟过程的。我查文献说是需要加载轨迹文件,想问一下什么是轨迹文件?
谢谢老师解答!

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发表于 Post on 2018-10-15 00:33:20 | 只看该作者 Only view this author
星星也想看到你 发表于 2018-10-14 15:55
好的老师,我现在可以用hbonds计算出某个状态的氢键数目,但是不会计算一个模拟过程的。我查文献说是需要加 ...

你跑出来的xtc或trr
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-10-15 09:32:38 | 只看该作者 Only view this author
好的,谢谢老师!

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发表于 Post on 2019-10-24 16:07:34 | 只看该作者 Only view this author

请问你现在会用VMD计算一个轨迹文件的氢键数量吗

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发表于 Post on 2019-10-26 04:50:55 | 只看该作者 Only view this author
星空DMU 发表于 2019-10-24 16:07
请问你现在会用VMD计算一个轨迹文件的氢键数量吗

怎么计算,前面回帖里都已经写明了。如果有不懂的,把具体问题交代清楚
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发表于 Post on 2020-8-8 16:10:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-10-14 00:31
VMD的氢键插件可以考察选定的两个组之间氢键数目随时间的变化,gmx自带的hbond工具也同样可以分析

老师,我看gromacs中将nh作为nh oh基团作为供体,o作为受体,n默认为受体,那如果我想计算纤维素中葡萄糖单元中oh羟基基团和cl离子或者原子之间的氢键呢?还能够用gromacs吗

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发表于 Post on 2020-8-9 04:13:34 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-8-8 16:10
老师,我看gromacs中将nh作为nh oh基团作为供体,o作为受体,n默认为受体,那如果我想计算纤维素中葡萄糖 ...

没法用gmx hbond,除非自己改源码
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发表于 Post on 2020-8-9 09:34:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-8-9 04:13
没法用gmx hbond,除非自己改源码

除此之外还有别的方法计算氢键吗?

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发表于 Post on 2020-8-10 05:55:30 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-8-9 09:34
除此之外还有别的方法计算氢键吗?

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发表于 Post on 2022-1-25 11:20:57 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Derz 于 2022-1-25 11:22 编辑
sobereva 发表于 2018-10-14 00:31
VMD的氢键插件可以考察选定的两个组之间氢键数目随时间的变化,gmx自带的hbond工具也同样可以分析

VMD中计算氢键的插件里两个组应该怎样设置呢? 老师  selection1和selection2

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发表于 Post on 2022-1-26 01:28:56 | 只看该作者 Only view this author
Derz 发表于 2022-1-25 11:20
VMD中计算氢键的插件里两个组应该怎样设置呢? 老师  selection1和selection2

VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html

两个selection都填代表分析两个部分之间的氢键,只填一个就是分析这个部分里面的氢键
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发表于 Post on 2022-1-26 14:59:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-26 01:28
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504(http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.ht ...

谢谢!

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发表于 Post on 2022-5-25 19:39:33 | 只看该作者 Only view this author
努力向上的boy 发表于 2020-8-8 16:10
老师,我看gromacs中将nh作为nh oh基团作为供体,o作为受体,n默认为受体,那如果我想计算纤维素中葡萄糖 ...

如何分析GMX不支持的原子间的氢键, 如涉及卤素原子的氢键. 这可以通过修改拓扑文件, 将卤素原子改为O或N, 骗过GMX来达到目的. 因为GMX不会检查实际原子是什么元素, 只看其名称. 修改了原子名称GMX就会以为原子真的变了, 即便名不符实. 但注意不要把拓扑搞混了, 这种修改过的拓扑只能用来计算氢键, 不要用它来做其他计算.

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