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[VASP] vasp+vtst算加氢反应过渡态,优化过程中结构散架,有哪些方法可以解决加快效率?

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本帖最后由 kingsl 于 2025-1-2 17:29 编辑

有几点疑问想请教一下,vasp计算过渡态,用Cl-neb或vasp自带算法都出现O-O键断裂的情况,不知道怎么样才能更好找到过渡态,试过:增加/减少插点;重新选取能量更低的初末态;改IOPT参数;改自带算法的POTIM值;收敛都很难,目前就成功过一俩例,耗费周期很长。希望有大佬能提提建议。图1 INCAR一些关键参数,(MAXMOVE是最近设的,Cl-neb的参数,之前用的默认值,因为结构散架想试试,最近c改了下最大步长),图2 初末态(初态上,末态下),图3散架的中间态结构(初始上,散架下)。

INCAR.png (9.74 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图1 INCAR结构

图1 INCAR结构

初末态.png (620.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图2 初末态

图2 初末态

散架.png (602.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图3 散架的中间态

图3 散架的中间态

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发表于 Post on 2025-1-2 18:05:42 | 只看该作者 Only view this author
把初态和末态的结构优化到位(严格力收敛),我一般不会出现这种情况。也可以看看你分子的原子在IS和FS中是不是一一对应的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-2 18:45:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 kingsl 于 2025-1-2 18:54 编辑
wuwei1 发表于 2025-1-2 18:05
把初态和末态的结构优化到位(严格力收敛),我一般不会出现这种情况。也可以看看你分子的原子在IS和FS中是 ...

OK,感谢指正,原子我是一一对应了,严格力收敛是指EDIFF还是EDIFFG?我初末态结构优化设置的是-05和0.02,提高到-7和0.01,应该够严格了吧?

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发表于 Post on 2025-1-3 18:54:48 | 只看该作者 Only view this author
kingsl 发表于 2025-1-2 18:45
OK,感谢指正,原子我是一一对应了,严格力收敛是指EDIFF还是EDIFFG?我初末态结构优化设置的是-05和0.02 ...

那可能不是力收敛的问题了,我觉得还有可能是中间插点的结构不合理导致的,原子靠近太近了之类,建议针对跑散CONTCAR对应的POSCAR导出看看,是不是这个问题导致的。

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发表于 Post on 2025-1-3 19:11:33 | 只看该作者 Only view this author
wuwei1 发表于 2025-1-3 18:54
那可能不是力收敛的问题了,我觉得还有可能是中间插点的结构不合理导致的,原子靠近太近了之类,建议针对 ...

如果我没搞错你这个表面反应是OOH加氢产双氧水的,那你的OOH*加氢有点奇怪,我觉得不应该是HOOH*上的氢跟下面的slab成键,机理上说不过去。因此我觉得还是你插点有问题,估计是nebmake.pl出来的,需要根据文献中报道的模型调整下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-4 02:03:17 | 只看该作者 Only view this author
wuwei1 发表于 2025-1-3 19:11
如果我没搞错你这个表面反应是OOH加氢产双氧水的,那你的OOH*加氢有点奇怪,我觉得不应该是HOOH*上的氢跟 ...

诶,文献里面的过渡态结构很简单,我的表面比较奇怪,所以过渡态的形态也很出乎意料(就比如OOH的H扭转在上方这样,文献里面是H向 OOH靠拢)。过渡态不好预测,也有可能导致我经常容易散架。你说的不合理结构,请问怎么样才能尽可能合理点?我可以在预设初始结构基础上结构优化几十步在进行NEB计算这样吗?不然我也不知道咋整,因为这个表面似乎不太平整呢,预测过渡态难度不小。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-4 02:11:59 | 只看该作者 Only view this author
wuwei1 发表于 2025-1-3 19:11
如果我没搞错你这个表面反应是OOH加氢产双氧水的,那你的OOH*加氢有点奇怪,我觉得不应该是HOOH*上的氢跟 ...

是的老哥,我是做OOH加氢,我这个初始结构确实有问题,是我自己手动搭建的,但是想着它自己能优化成合理状态所以粗心了,不过我之前做的初始模型不会出现这种低级错误的时候,貌似初始结构也不合理,还是散架了诶,很疑惑这种情况有什么比较好的解决方法?毕竟有时候确实很难预测到这种复杂表面的过渡态。还请不吝赐教

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发表于 Post on 2025-1-4 08:24:06 | 只看该作者 Only view this author
kingsl 发表于 2025-1-4 02:11
是的老哥,我是做OOH加氢,我这个初始结构确实有问题,是我自己手动搭建的,但是想着它自己能优化成合理 ...

首先纠正一个错误想法:不能随便摆一个结构,想着反正软件会优化到合理,拿来就用。其次如果是位点不平整或者说“粗糙”的,我之前是算好几个可能位点跑过渡态的,缺点是烧计算资源,不建议使用。最好的解决方法还是我上面说的,基于领域常识包括吸附态怎么一步下步反应的过程再作调整

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-1-4 09:32:20 | 只看该作者 Only view this author
wuwei1 发表于 2025-1-4 08:24
首先纠正一个错误想法:不能随便摆一个结构,想着反正软件会优化到合理,拿来就用。其次如果是位点不平整 ...

确实,不过这确实很考验判断,那还得多观察和试错

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