分子团簇构型搜索时做DFT优化结果freq出现NO后续如何计算

xiewei · 发表于 Post on 2024-5-30 00:33:05

老师您好，我通过molclus程序用xtb联用Gaussian做分子团簇的构型搜索，在用xtb对初猜构象做了初步优化后，选择一定数量的结构进行DFT优化，但是在DFT优化后的输出文件中大部分的结构的freq计算中的最大位移和均方根位移会出现一个或两个的NO，有的离收敛限还比较远，有的在收敛限的两倍的范围内。那么我后面对DFT优化过的结构是否可以在高精度计算单点能后直接用isostat对这些结构进行能量排序取能量最低的结构作为稳定结构，还是需要对freq计算出现NO的结构重新优化然后再进行排序，因为我计算的结构的原子数比较多，有一百多个，所以重新优化所需要的时间还是挺长的，请问老师如何处理呢？

还有一个问题就是在做分子团簇搜索的时候对涉及氢键的体系用B3LYP-D3(BJ)/6-31G*做DFT优化可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-30 16:42:41

阈值的三倍内都可以接受

没模板文件的具体关键词没法说。正常设定下，通常优化能收敛、最后没虚频就可以

最好用6-31G**

xiewei · 发表于 Post on 2024-5-30 20:19:18

sobereva 发表于 2024-5-30 16:42
阈值的三倍内都可以接受

没模板文件的具体关键词没法说。正常设定下，通常优化能收敛、最后没虚频就可以 ...

老师这是我的三个template文件，您帮忙看一下，谢谢老师

xiewei · 发表于 Post on 2024-5-30 20:24:21

本帖最后由 xiewei 于 2024-5-30 20:48 编辑

sobereva 发表于 2024-5-30 16:42
阈值的三倍内都可以接受

没模板文件的具体关键词没法说。正常设定下，通常优化能收敛、最后没虚频就可以 ...

“正常设定下，通常优化能收敛、最后没虚频就可以”老师您的这句话意思是优化能够正常收敛不报错没虚频就可以是吗？要是freq计算有超过三倍阈值的结构也可以吗？

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-31 09:54:36

xiewei 发表于 2024-5-30 20:19
老师这是我的三个template文件，您帮忙看一下，谢谢老师

没大问题

sobereva · 发表于 Post on 2024-5-31 09:56:38

xiewei 发表于 2024-5-30 20:24
“正常设定下，通常优化能收敛、最后没虚频就可以”老师您的这句话意思是优化能够正常收敛不报错没虚频就 ...

是
如果严重超过三倍，而且那个结构又是能量最低或较低的因此可能很重要的结构，最好再优化得更精确些

xiewei · 发表于 Post on 2024-5-31 10:39:08

本帖最后由 xiewei 于 2024-5-31 12:47 编辑

sobereva 发表于 2024-5-31 09:56
是
如果严重超过三倍，而且那个结构又是能量最低或较低的因此可能很重要的结构，最好再优化得更精确些

谢谢老师答复，那老师我是先DFT优化后，结构都能正常收敛那我就可以计算高精度单点能进行能量排序，然后再对能量较低的并且收敛不太好结构的再精确优化一下，请问老师是这样一个步骤吧。

我就是不确定结构在DFT优化后可以正常收敛，但是freq计算收敛不太好的情况下是否可以直接进行高精度能量计算后再排序取能量最低的结构作为最优结构，然后如果这个结构freq收敛不太好的话我再对这一个最优的结构进行一下更精确的优化。

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-1 10:49:42

xiewei 发表于 2024-5-31 10:39
谢谢老师答复，那老师我是先DFT优化后，结构都能正常收敛那我就可以计算高精度单点能进行能量排序，然后 ...

结构的误差会导致最终能量也有误差，根据实际情况、当前算的能量差，如果你怀疑结构不精确带来的最终能量的误差可能影响对能量的排序，就需要对结构进一步优化

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[Molclus] 分子团簇构型搜索时做DFT优化结果freq出现NO后续如何计算