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[GROMACS] 关于gromacs中constraints选择的问题

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新手上路,了解到社长极力不推荐all-bonds,但还是斗胆问一下all-bonds、h-bonds、none这三种constraints区别是什么,在何种情况下该选择哪种。有时候用h-bonds跑md模拟系统会崩溃但是改成all-bonds就跑通了,不知道是因为什么原因。
同时想确认一下Gromacs是否可以表示羟基(-OH)中H被离子所取代。



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-22 11:58:07 | 只看该作者 Only view this author
博文http://sobereva.com/10中“.mdp里的比如constraints = all-bonds也是应用这种约束方法,也就是约束住所有[ bonds ]项,原本[ bonds ]的设定就被覆盖了,即不体现成键效果(来回振动),只体现约束效果(距离固定不变)。”  这句话的意思我不是很明白,可以理解为top文件中的[bonds]、[ pairs ]、[ angles ]等都为限制吗用的谐振势表示,但是一旦定义constraints = all-bonds 就将[ bonds ]中所有键不允许震动设为固定,选择constraints = h-bonds就将[ bonds ]中与H相连的键变为不允许震动设为固定吗。

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发表于 Post on 2020-7-22 13:55:53 | 只看该作者 Only view this author
“用h-bonds跑md模拟系统会崩溃但是改成all-bonds就跑通了”没有任何可正当解释的原因,纯粹是巧合罢了
all-bonds总是不要用。用2 fs步长一般就用h-bonds,如果用1 fs步长一般可以不做约束。要搞懂这种约束的目的是什么,主要是为了消除高频振动



“羟基(-OH)中H被离子所取代”这肯定不行,O和H之间有bond项,导致H+不可能离开。

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发表于 Post on 2020-7-22 13:56:48 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-7-22 11:58
博文http://sobereva.com/10中“.mdp里的比如constraints = all-bonds也是应用这种约束方法,也就是约束住 ...

all-bonds根本不牵扯pairs和angles
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2020-7-22 14:18:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-22 13:55
“用h-bonds跑md模拟系统会崩溃但是改成all-bonds就跑通了”没有任何可正当解释的原因,纯粹是巧合罢了
al ...

借楼,请问Sob老师,如果想要模拟分子间的氢键生成,用不用constraints=hbonds会有较大影响吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-22 15:23:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-22 13:56
all-bonds根本不牵扯pairs和angles

谢谢老师指点,“top文件中的[bonds]是用谐振势表示的限制,一旦定义constraints = all-bonds [ bonds ]中所有键固定将不允许震动,选择constraints = h-bonds就将[ bonds ]中与H相连的键固定不允许震动”  不知道现在这句话是否正确。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-22 15:27:22 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2020-7-22 14:18
借楼,请问Sob老师,如果想要模拟分子间的氢键生成,用不用constraints=hbonds会有较大影响吗?

想请教前辈一下,怎么确认分子间生成了氢键。根据什么分析的呢。

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发表于 Post on 2020-7-22 15:29:01 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-7-22 15:27
想请教前辈一下,怎么确认分子间生成了氢键。根据什么分析的呢。

有命令的可以直接计算g_hbond

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-7-22 15:37:16 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2020-7-22 15:29
有命令的可以直接计算g_hbond

好的谢谢前辈

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发表于 Post on 2020-7-23 00:09:40 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2020-7-22 14:18
借楼,请问Sob老师,如果想要模拟分子间的氢键生成,用不用constraints=hbonds会有较大影响吗?

毫不影响你分析氢键
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发表于 Post on 2020-7-23 00:10:24 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-7-22 15:23
谢谢老师指点,“top文件中的是用谐振势表示的限制,一旦定义constraints = all-bonds [ bonds ]中所有键 ...

正确
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发表于 Post on 2020-7-23 00:11:22 | 只看该作者 Only view this author
孙宝刚 发表于 2020-7-22 15:27
想请教前辈一下,怎么确认分子间生成了氢键。根据什么分析的呢。

一方面是gmx hbond可以给出定量统计,另一方面可以在VMD里用H-bond的drawing method,根据你设的阈值将氢键显示出来。另外对于单帧,也可以用Multiwfn做promolecular近似的RDG或IGM分析,可以直观展现氢键作用区域
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发表于 Post on 2020-7-23 10:08:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-7-23 00:09
毫不影响你分析氢键

请问如果把含H的键约束成刚性后,原理上有没有可能影响氢键的形成呢?(比如采用刚性水和柔性水)

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发表于 Post on 2020-7-24 07:46:28 | 只看该作者 Only view this author
jimulation 发表于 2020-7-23 10:08
请问如果把含H的键约束成刚性后,原理上有没有可能影响氢键的形成呢?(比如采用刚性水和柔性水)

不会有影响
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发表于 Post on 2020-7-25 14:22:38 | 只看该作者 Only view this author

谢谢Sob老师

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