求组： gmx计算空间分布函数和vmd作图遇到的问题

luodandan

老师好，我最近使用gromacs spatial 计算空间分布函数，统计1个间甲酚周围氯化胆碱、丙二酸的分布情况，体系中间甲酚放在盒子中间冻住，氯化胆碱50个丙二酸100个，模拟5ns。之后按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动，对所需要分析的对象设置了一个索引文件，最后通过spatial命令产生了cube文件。然后用vmd作图，从而得到中心分子与另一个分子的相对位置关系。可是我做的图中，另一个分子一团一团的分布。但是在做例子的时候是可以做出来空间分布函数的图的，这是什么原因？

步骤：为了得到有意义的SDF，整个轨迹中溶质分子必须在盒子内居中，去除其平动和转动，并对需要计算SDF的分子进行分组定义。
gmx make_ndx -f md.gro -o index.ndx
创建两个组，分别包含中心分子以及要统计SDF的原子
1.gmx trjconv -s prod.tpr -f md.xtc -o cen.xtc -n index.ndx -pbc mol -ur compact -center
Select group for centering时选择中心分子组，Select group for output时选择System组
2.gmx trjconv -s prod.tpr -f cen.xtc -n index.ndx -o rot+trans.xtc -fitrot+trans
Select group for least squares fit时选择中心分子组，Select group foroutput时选择System组
3、gmx spatial -s prod.tpr -f rot+trans.xtc -n index.ndx -nab 300
Select group to generate SDF时选择要统计SDF的组，Select group tooutput coords时选择中心分子组