求助:“saveamberparm”保存文件时出现问题

caroline

在tleap是，saveamberparm保存文件：Checking Unit.

Warning: The unperturbed charge of the unit (-6.000003) is not zero.

Note: Ignoring the warning from Unit Checking.

Building topology.
Building atom parameters.
Building bond parameters.
Building angle parameters.

Error: Could not find angle parameter: O - C - NT

Error: Could not find angle parameter: C - NT - CT

Error: Could not find angle parameter: CX - C - NT
Building proper torsion parameters.

Error:  ** No torsion terms for  O-C-NT-CT

Error:  ** No torsion terms for  CX-C-NT-CT
Building improper torsion parameters.
old PREP-specified impropers:
<CRO 64>:  CA1  N3   C1   N2  
<CRO 64>:  C2   CB2  CA2  N2  
<CRO 64>:  CG2  CA2  CB2  HB2
<CRO 64>:  CD1  CD2  CG2  CB2
<CRO 64>:  CG2  CE1  CD1  HD1
<CRO 64>:  CD1  CZ   CE1  HE1
<CRO 64>:  CE1  CE2  CZ   OH  
<CRO 64>:  CZ   CD2  CE2  HE2
<CRO 64>:  CG2  CE2  CD2  HD2
<CRO 64>:  CA2  N3   C2   O2  
<CRO 64>:  C2   C1   N3   CA3
<CRO 64>:  CA3  +M   C3   O3  
total 738 improper torsions applied
12 improper torsions in old prep form
Building H-Bond parameters.
Incorporating Non-Bonded adjustments.

Warning: Parameter file was not saved.

这该如何解决？
谢谢！

知黑守白

很明显，你的力场缺少提示的几个参数，最简单的办法可以通过mol2文件，parmchk指令生成相应的力场参数文件。

songyidan

同学请问你的问题解决了吗？我也遇到了一样的问题，用mol2生成的ac 文件和prepin文件和官网是相同的，但是也是出现了这个问题

0A0

songyidan 发表于 2021-7-3 15:08
同学请问你的问题解决了吗？我也遇到了一样的问题，用mol2生成的ac 文件和prepin文件和官网是相同的，但是 ...

同学，请问你们的问题解决了吗，我也遇到了这个问题

sunmeng

songyidan 发表于 2021-7-3 15:08
同学请问你的问题解决了吗？我也遇到了一样的问题，用mol2生成的ac 文件和prepin文件和官网是相同的，但是 ...

删除下载的cif文件中的

_chem_comp.type “D-PEPTIDE LINKING” <行

也可以用？代替

Muby

我是在prepin里面找到NT(就是跟前面一个氨基酸连接形成肽键的那个N)，然后把它改成N，再走一遍流程就没有报错了，感觉可能是单个非标准残基对那个N的定义问题？