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[GROMACS] 求助:gromacs如何计算相互作用能?

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各位老师同学好,我想仿照文献尝试使用gromacs计算AB分子的相互自由能,我目前想到的方法是首先计算n个A分子体系的能量,然后计算m个B分子体系的能量,最后计算n个A+m个B体系的能量,最后得到相互作用能,不知道这样计算是否合理?或者有什么其他方法可以计算相互作用能?

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发表于 Post on 2024-6-6 17:56:27 | 只看该作者 Only view this author
为什么n个A分子?1个不行吗?

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发表于 Post on 2024-6-7 00:31:22 | 只看该作者 Only view this author
先把体系交代清楚,是一个A和一个B,还是混合液体之类的情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-7 09:41:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-7 00:31
先把体系交代清楚,是一个A和一个B,还是混合液体之类的情况

是混合体系,体系内有500个A和B分子,我想计算A和B分子之间的相互作用能,我应该如何做?可以通过gromacs去得到嘛?

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发表于 Post on 2024-6-8 00:22:53 | 只看该作者 Only view this author
1367 发表于 2024-6-7 09:41
是混合体系,体系内有500个A和B分子,我想计算A和B分子之间的相互作用能,我应该如何做?可以通过gromacs ...

把500个A和500个B分别定义成能量组,gmx energy从edr中提取它们的相互作用能
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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