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[综合交流] 带单配体计算RESP电荷问题

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在模拟过程中(水溶液),想计算GPP(带三个负电)的RESP0.5电荷。已使用拓扑工具sobtop_1.0\(dev3.2\)生成GAFF力场下的top文件。
下图是化学式


下图是3D可视化结构

下图是我的mol2文件


下图是我调用的RESP脚本

最后是我生成的结果

我看到了有三个氧变为了-0.9多
我想问一下社长这样直接定义-3,能正确模拟这个电荷嘛

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发表于 Post on 2024-6-7 00:09:39 | 只看该作者 Only view this author

注意检查提示里的报错对应的ORCA输出文件
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-7 08:35:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-7 00:09

注意检查提示里的报错对应的ORCA输出文件

谢谢老师,这个是我手动终止的,已经成功跑完了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-7 19:30:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-7 00:09

注意检查提示里的报错对应的ORCA输出文件

老师,我突然发现,在对接之后,有几个碳碳双键我忘记更改了,单双键的改变,会导致生成sobtop生成GAFF力场的top文件的键级信息和orca计算RESP0.5电荷出现错误嘛

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发表于 Post on 2024-6-8 00:08:48 | 只看该作者 Only view this author
lxhpdx 发表于 2024-6-7 19:30
老师,我突然发现,在对接之后,有几个碳碳双键我忘记更改了,单双键的改变,会导致生成sobtop生成GAFF力 ...

不会
sobtop基于GAFF产生拓扑文件只看连接关系不看形式键级
RESP2电荷计算更和形式键级没关系了,只看坐标
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-8 10:51:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-8 00:08
不会
sobtop基于GAFF产生拓扑文件只看连接关系不看形式键级
RESP2电荷计算更和形式键级没关系了,只看 ...

感谢老师,我不懂其中的具体转换方式,以为需要重新做。

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