请问如何为金属酶的金属中心及其第一配位层定义charmm拓扑参数

cxcxcx · 发表于 Post on 2026-4-17 10:34:00

本人QM/MM小白，欲用charmm做体系的setup工作，在将金属酶及其第一配位层定义成一个大的残基后，由于官方库缺少相关参数，需要添加相关参数，请问我该如何获取，是否可以通过只保留金属酶及其第一配位层，用charmm的IC BUILD指令得到内坐标,用Gaussian计算电荷再组合的方式得到

student0618 · 发表于 Post on 7 day ago

如非必要用bonded model，直接用非键模型更省事。

真要用Bonded model，用Amber力场更用易处理，也很普适。

cxcxcx · 发表于 Post on 5 day ago

student0618 发表于 2026-4-18 16:39
如非必要用bonded model，直接用非键模型更省事。

真要用Bonded model，用Amber力场更用易处理，也很普 ...

好的，感谢感谢

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[综合交流] 请问如何为金属酶的金属中心及其第一配位层定义charmm拓扑参数