gmx2019.6使用position restraints时的报错

jimulation

对体系中的一种分子施加位置限制，在top文件中加了“ifdef、include、endif”字段，也在mdp文件中通过"define"添加了相关定义。但是在grompp时提示如下错误：
Cannot find position restraint file restraint.gro (option -r). From GROMACS-2018, you need to specify the position restraint coordinate files explicitly to avoid mistakes, although you can still use the same file as you specify for the -c option.
查找2019.6版本的手册，叙述如下：
When using position restraints, a file with restraint coordinates must be supplied with -r (can be the same file as supplied for -c).  


-r似乎是和-c一样，选整个体系。不是很明白其中的逻辑。原本位置限制的开关在mdp文件中控制，要位置限制的分子以及限制力常数都在top文件中定义，请问较新版本的gmx加这个-r选项意义何在呢？

sobereva

意义在于你可以用和初始结构不同的结构作为限制势的参考位置，因此更为灵活

jimulation

sobereva 发表于 2020-12-14 01:03
意义在于你可以用和初始结构不同的结构作为限制势的参考位置，因此更为灵活

谢谢sob老师回复。有一点不明，如果限制势的参考位置和初始结构不一致，开始的时候就会产生一个力，将分子向参考位置拉，既然这样为什么不在建模的时候就放置在参考位置呢？

sobereva

jimulation 发表于 2020-12-14 10:15
谢谢sob老师回复。有一点不明，如果限制势的参考位置和初始结构不一致，开始的时候就会产生一个力，将分 ...

-c和-r独立设置是为了实现一些特殊用户的特殊目的，一般情况下-c和-r都接相同的文件

但我并不欣赏gmx的这个要求。应当是如果没人为指定-r，就默认用-c的坐标

jimulation

sobereva 发表于 2020-12-15 02:22
-c和-r独立设置是为了实现一些特殊用户的特殊目的，一般情况下-c和-r都接相同的文件

但我并不欣赏gmx ...

谢谢sob老师回复

Zoeycta

请问限制动力学里这个报错最后怎么解决了呢？

Zoeycta

Zoeycta 发表于 2024-6-14 15:49
请问限制动力学里这个报错最后怎么解决了呢？

原来同样-r一遍.gro文件就行...https://www.researchgate.net/pos ... straintgro-option-r