如何确定模拟中添加的蛋白质个数

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-18 08:55:47

各位大佬，我想问一个比较基础的问题，如何确定模拟中添加的蛋白质个数？目前我的计算过程是将实验中浓度a mg/ml 除以蛋白质的分子量获得摩尔浓度，然后再乘以盒子的体积以及Na。不知道这个过程对不对？如果对的话，蛋白质的分子量是选择哪个呢（是用RCSB中的Total Structure Weight，还是整体的分子量。比如RCSB中1CAG（胶原）的分子量是8.47 kDa，但一般说到胶原的分子量是300KDa）？盒子的体积怎么确定呢（一般都是先确定加的蛋白质，然后gromacs生成一个盒子，再通过盒子体积计算，但问题是还不知道要加几个蛋白质）？感谢感谢

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-18 09:50:05

先搞清楚蛋白质之间有什么相互作用。如果相互作用都可以忽略，或者相互作用不直接影响你要研究的问题，用一个蛋白质就够了，完全不需要刻意和实验浓度对应。

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-18 15:50:36

本帖最后由 Willow0114 于 2024-6-18 15:51 编辑

sobereva 发表于 2024-6-18 09:50
先搞清楚蛋白质之间有什么相互作用。如果相互作用都可以忽略，或者相互作用不直接影响你要研究的问题，用一 ...

sob老师，您好。我的实验中是两种蛋白按照不同比例混合，比例分别是0.6、1、1.4和1.8。我想要在模拟中体现这一点，所以考虑到了添加的蛋白质的个数。什么情况下可以忽略相互作用呢？因为我用GRAMM对接，中间是存在氢键。这个可以算作相互作用吗？能否忽略呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-19 05:08:02

Willow0114 发表于 2024-6-18 15:50
sob老师，您好。我的实验中是两种蛋白按照不同比例混合，比例分别是0.6、1、1.4和1.8。我想要在模拟中体 ...

先明确实际想研究什么、研究的问题和蛋白质之间相互作用有什么直接关系
不能盲目按实验比例去添加蛋白质，否则蛋白质一多了，盒子巨大，原子数巨多，根本算不动。或者虽然能算，但能只能算得动很短暂的时间尺度，感兴趣的问题也没法研究。
做计算必须有“模型化”思想，根据实际研究的对象，构造出尽可能容易算、能反映出问题关键的计算模型

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-19 09:21:38

sob老师，我是想研究2种蛋白质以及当同时存在这两种蛋白质（比例不同）的时候，钙离子与其的结合情况。因为目前不清楚这种影响是否和蛋白质之间的作用有关，所以这后续也想做相关的分析（因为在实验上，两种蛋白混合之后是会出先沉淀，溶液会变浑浊）。想问一下老师有什么建议吗？

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