过渡金属蛋白动力学模拟应使用约束模型还是成键模型

fffff · 发表于 Post on 2024-6-18 15:54:08

各位老师好，我最近在进行过渡金属-蛋白复合物的分子动力学模拟。如果模拟过程单纯靠静电和范德华维持的话过渡金属离子不能稳定地与配位原子结合，可以通过施加约束、限制或者构建成键模型来实现模拟过程中过渡金属离子与蛋白的稳定结合。我还阅读了三篇过渡金属蛋白的文献（见附件）。
2005和2009年的文献提到蛋白和过渡金属配位过程会存在明显的电荷转移和局部极化效应，作者开发了一种新的力场，在非键项中引入额外项来考虑上述效应。

在2014年的JPCA中通过QM/MM考虑金属离子配位。

请问老师们对于过渡金属离子采用约束模型和构建成键模型，哪种方法更被认可？还是也取决于后续研究目的呢？

2005_Sakharov_Zn-PEF_JACS.pdf (294.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

2014_Babu_Modeling Zn release from MT.pdf (3 MB, 下载次数 Times of downloads: 9)

sakharov2009.pdf (252.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-18 19:12:36

如果当前目的仅仅是能维持住局部区域的结构，而这部分区域与其它原子的静电相互作用不是什么重点，细腻地考虑电荷转移就没必要

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[综合交流] 过渡金属蛋白动力学模拟应使用约束模型还是成键模型

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