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[GROMACS] 求助用gmx select分析平面上某一粒子数随时间的变化

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老师们,我想用gmx select分析平面上某一粒子数随时间的变化,比如碳酸钙上面的油分子,这个要怎么实现

202406172131374035..png (264.84 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

这是模型图,红色是水,上下是表面吸附油的碳酸钙

这是模型图,红色是水,上下是表面吸附油的碳酸钙

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发表于 Post on 2024-6-17 22:01:10 | 只看该作者 Only view this author
直接用vmd结合tcl统计才是最好的选择。

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发表于 Post on 2024-6-18 02:39:30 | 只看该作者 Only view this author
gmx select结合-oi和gromacs的selection选择语句(看手册)原理上可以实现,但我肯定自己写VMD tcl脚本,写几行就能轻松搞定
专门做动力学的人,VMD tcl脚本(或Python结合第三方统计分析库等)的编写是必须学的,否则碰到诸如这种小问题都费劲。北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)专有一节全面详细讲VMD tcl脚本的编写
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-18 14:36:02 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-18 02:39
gmx select结合-oi和gromacs的selection选择语句(看手册)原理上可以实现,但我肯定自己写VMD tcl脚本,写 ...

谢谢社长,我试试

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-18 14:36:25 | 只看该作者 Only view this author
lyj714 发表于 2024-6-17 22:01
直接用vmd结合tcl统计才是最好的选择。

谢谢你,我尝试一下

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