用pdbfixer进行加H的时候选择PH=7.4，在模拟的时候还需要设置氨基酸的质子化吗？

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-19 21:38:21

我用pdbfixer进行加H的时候，环境的PH选择的是7.4。因为实验中，我的蛋白质是处于PH为7.4的环境中，所以我想在模拟的时候通过设置氨基酸的质子化状态来模拟PH为7.4（力场是amber99sb-ildn.ff）那么我在转换pdb文件的时候还需要在选择氨基酸的质子化状态吗？如果需要的话是通过比较7.4和H++生成的氨基酸pka来确定质子化吗？

dayu8278 · 发表于 Post on 2024-6-19 22:04:11

用这个网站来根据pH判断蛋白的质子化状态：https://server.poissonboltzmann.org/pdb2pqr

然后用vmd或者pymol转成pdb或者gro格式

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-19 22:10:37

所以是还需要在模拟的时候设置质子化状态是吗？那pdbfixer中的加氢为什么还要设置PH呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-6-19 22:23:41

如果你用pdb2gmx创建拓扑文件，根本不管你输入文件里的质子化态是什么样，pdb2gmx的过程中照样会自动判断质子化态，或者用诸如-inter等选项手动设置质子化态。如果pdb2gmx自动确定的质子化态和某个pKa预测程序给你的当前pH环境下的质子化状态不一样，应当手动在pdb2gmx里手动设置质子化态来与之相符。

Willow0114 · 发表于 Post on 2024-6-19 22:32:21

好的，谢谢老师

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