lammps运行中丢原子初始输入简易检查

TerminSong · 发表于 Post on 2025-3-26 18:31:58

本帖最后由 TerminSong 于 2025-3-26 18:33 编辑

是了，我又来用没啥技术难度的东西和大佬们混脸熟了

做这个东西的起因是，这几天闲来无事偷窥论坛，居然短短几天就发现了几次因为lammps输入文件中包含了重叠原子导致原子丢失的情况，
考虑到肉眼读几万行原子数据或者瞪眼法看ovito显示确实不是很方便，故摸鱼花2小时开发此小工具方便各位软件开发能力稍有不足的新手使用。
重要：因为我偷懒快速完工，该程序暂未考虑周期边界条件
用法：
可执行文件 [lammps data文件] <邻居截断距离>
其中邻居截断距离为可选参数，如果不输入，则程序会阻塞要求你输入这个数值，该数值仅用于生成空间网格以加速邻居搜索，所以输入可以稍大一点但是不能过小，
对于windows执行，只需要将lammps data文件拖放到图标上之后执行。
注意是data文件！不是dump！
程序执行完成后会输出一个后缀_out.csv的表格文件，该表格文件中包含的信息是该id的原子与最近邻的另一个原子的距离，通过排序就可以相对简便地排查出问题原子了。

目前支持atomic full charge三种文件的检查，想要支持其他文件只需要自行修改lmpmap文件然后重新编译即可，问就是现在6点半了我要去吃麻辣烫了

CheckLmpDataIn.exe (47 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

CheckLmpDataIn_src.zip (6.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

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[程序/脚本开发] lammps运行中丢原子初始输入简易检查

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