spin density and NBO atomic charges计算问题

那丢失的 · 发表于 Post on 2016-12-13 18:27:18

大牛计算的结果如图我先用高斯计算，输入 uBP86/def2TZVP  pop=(full,nboread) 得到的.47文件用NBO5计算得到结果如下：

Summary of Natural Population Analysis:

                                       Natural Population                            Natural
               Natural ---------------------------------------------             Spin
Atom No Charge       Core    Valence Rydberg    Total       Density
------------------------------------------------------------------------------
N  1 -0.74060    1.99889    5.71124 0.03047    7.74060    0.00492
C  2 0.78947    1.99925    3.18072 0.03056    5.21053    0.05875
O  3 -0.38797    1.99974    6.36366 0.02457    8.38797    0.05482
S  4 1.09053    9.99922    4.76939 0.14085 14.90947    0.55496
O  5 -0.75144    1.99988    6.71439 0.03717    8.75144    0.32655
==================================================
* Total *  0.00000    17.99697 26.73941 0.26362 45.00000    1.00000
结果为什么不一样啊！！!求解

那丢失的 · 发表于 Post on 2016-12-13 18:28:18

图的说明是Spin densities and NBO atomic charges (in parenthesis) calculated at the UBP86/def2-TZVPP//UCCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12 level.

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-12-13 19:25:53

那丢失的发表于 2016-12-13 18:28
图的说明是Spin densities and NBO atomic charges (in parenthesis) calculated at the UBP86/def2-TZVPP/ ...

这作者能写出来“UBP86/def2-TZVPP//UCCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12”这种表述就不怎么可信，还拿。。。
以及UCCSD(T)-F12显然不是用高斯做的，因为它这奇怪的表述也不清楚这些分析到底是在前后哪个水平做的，说不定是后者

那丢失的 · 发表于 Post on 2016-12-13 19:30:59

liyuanhe211 发表于 2016-12-13 19:25
这作者能写出来“UBP86/def2-TZVPP//UCCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12”这种表述就不怎么可信，还拿。。。
以及 ...

结构优化用的UCCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12，得到的结构再用UBP86/def2-TZVPP做的NBO分析。我也是直接用UCCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12得到的结构做的计算

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-12-13 20:24:05

那丢失的发表于 2016-12-13 19:30
结构优化用的UCCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12，得到的结构再用UBP86/def2-TZVPP做的NBO分析。我也是直接用UCCSD ...

我就是说这作者要么缺乏常识不知道“ // ”符号是优化在后单点在前、要么缺乏常识不知道优化用小级别、单点用高级别

那丢失的 · 发表于 Post on 2016-12-13 20:44:30

liyuanhe211 发表于 2016-12-13 20:24
我就是说这作者要么缺乏常识不知道“ // ”符号是优化在后单点在前、要么缺乏常识不知道优化用小级别、单 ...

不是啊，UCCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12优化结构并得到单点能，这是一个人做的计算，另外一个人只不过是拿他优化好的这个结构用UBP86/def2-TZVPP做NBO分析

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-13 23:38:59

那丢失的发表于 2016-12-13 20:44
不是啊，UCCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12优化结构并得到单点能，这是一个人做的计算，另外一个人只不过是拿他优 ...

我才不信作者用的是UCCSD(T)-F12//cc-pVTZ-F12做的优化
哪有拿这么高级别还没有解析梯度的做优化的
分明是作者没表述清楚，根本就不懂//这个符号的使用习俗
按他那么写成了CCSD(T)优化，DFT算单点，岂不搞笑
而且作者缺乏基本知识，根本没有NBO电荷这个说法，也不能说原子自旋密度，犯了常识性，看
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298

另外作者用的是def2-TZVPP你用的是def2-TZVP

几何结构不同、基组不同，都会导致NPA自旋布居不同

那丢失的 · 发表于 Post on 2016-12-14 09:26:32

sobereva 发表于 2016-12-13 23:38
我才不信作者用的是UCCSD(T)-F12//cc-pVTZ-F12做的优化
哪有拿这么高级别还没有解析梯度的做优化的
...

其实呢，这个是我的文章(好尴尬)，我做的是实验部分，我用b3lyp/6-311+g(3df)做了优化，然后老师找一个课题组先做的UCCSD(T)/aug-cc-pV(T+D)Z和UCCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12的优化得到了红外频率和单点能。然后另外一个课题组做了NBO分析，他们直接借用UCCSD(T)-F12/cc-pVTZ-F12优化的结构然后用UBP86/def2-TZVPP做的NBO分析。但是他做的NBO分析我也没看懂，和我算的差别好大，所以来问问。关于spin density and NBO atomic charges的说法我也不了解，看到JCAS上也有这么写的

sobereva · 发表于 Post on 2016-12-14 18:47:28

那丢失的发表于 2016-12-14 09:26
其实呢，这个是我的文章(好尴尬)，我做的是实验部分，我用b3lyp/6-311+g(3df)做了优化，然后老师找一个课 ...

b3lyp/6-311+g(3df)做优化是不划算的，对于普通有机体系，结果不会比用6-311G**优化更强，耗时还多得多得多。而且由于没考虑氢的极化，牵扯到氢的任务结果会明显更糟
仔细看
谈谈量子化学中基组的选择
http://sobereva.com/336
至于你1L的体系，鉴于体系很小，用def2-TZVP优化耗时不会很高还很理想，比起用pople基组要强。

先把所有计算条件都保证相同了再去比结果，而且注意用的NBO版本是否相同。如果所有地方都相同，你的结果就是和他们的不同，直接管他们要输入输出文件，都是合作者，没道理不给。

不要以为JACS上的计算和说法都对，spin density and NBO atomic charges这种错误说法在哪里都常见，但你绝对不会看到NBO开发者的文章里有NBO atomic charges这种用词，这都是NBO用户自己造出来的词。把原子自旋布居说成spin density在前面的博文专门批了，极为常见的不良用词，体现出作者根本没搞清楚基本概念。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-12-14 18:50:21

那丢失的发表于 2016-12-14 09:26
其实呢，这个是我的文章(好尴尬)，我做的是实验部分，我用b3lyp/6-311+g(3df)做了优化，然后老师找一个课 ...

误把spin population写成spin density的文献想找有的是，错了就是错了，有文献这么写也是错的。我记得还有IF甚高的文献用高斯算了CCSDT呢。

Σ(spin density)的写法就更奇怪了（虽然大家知道你什么意思），对一个空间分布的三维函数做“求和”。。。

b3lyp/6-311+g(3df)是非常奇怪的组合

那丢失的 · 发表于 Post on 2016-12-15 09:02:15

liyuanhe211 发表于 2016-12-14 18:50
误把spin population写成spin density的文献想找有的是，错了就是错了，有文献这么写也是错的。我记得还 ...

看来错的人很多，包括大牛，哈哈，b3lyp/6-311+g(3df)是沿用之前文章的，如果含氢元素则用b3lyp/6-311++g(3df,3pd)，也没有审稿人说不对的。

那丢失的 · 发表于 Post on 2016-12-15 09:11:29

sobereva 发表于 2016-12-14 18:47
b3lyp/6-311+g(3df)做优化是不划算的，对于普通有机体系，结果不会比用6-311G**优化更强，耗时还多得多 ...

结构优化用b3lyp/6-311+g(3df)，如果含氢元素则用b3lyp/6-311++g(3df,3pd)，算能量用CBS-QB3，现在可以用CCSD(T)了，这都是都是参考之前文章的，也没有审稿人告诉我们说你们不对，我做的都是十原子以下小分子，得到计算结果也与实验结果吻合比较好，所以一直在用，我主攻实验，所以对计算这块没花心思，现在看来还有好长的路要走。NBO的计算结果还是和老板讨论下让老板找他们问问为什么不一样吧，谢谢Sob老师.

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-12-15 09:15:47

那丢失的发表于 2016-12-15 09:02
看来错的人很多，包括大牛，哈哈，b3lyp/6-311+g(3df)是沿用之前文章的，如果含氢元素则用b3lyp/6-311++g ...

自己找个简单反应计算能量差比较一下就知道了、查benchmark也行，不用别人说。DFT根本用不到那么多极化，当前结果本身没问题(这也可能是审稿人不批评的原因)但浪费大量时间、或者说用同等时间本可以获得更好结果，即常说的基组不匹配，。

那丢失的 · 发表于 Post on 2016-12-15 09:23:12

liyuanhe211 发表于 2016-12-15 09:15
自己找个简单反应计算能量差比较一下就知道了、查benchmark也行，不用别人说。DFT根本用不到那么多极化， ...

好的，谢谢老师，b3lyp/6-311+g(3df)我们用来看结构，能量用的CBS-QB3，我去查查然后自己做一做计算，有什么问题再请教。

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-12-15 09:57:26

那丢失的发表于 2016-12-15 09:23
好的，谢谢老师，b3lyp/6-311+g(3df)我们用来看结构，能量用的CBS-QB3，我去查查然后自己做一做计算，有 ...

（不了解你们的体系，即使有必要加弥散）基组用6-311+G(d)足以，且3-zeta用B3LYP有些掉价，用M06-2X/ma-TZVP可能高效很多。

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[新手求助] spin density and NBO atomic charges计算问题

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