gmx sasa提示There were 258 inconsistent shifts. Check your topology

zyxxx · 发表于 Post on 2021-9-15 15:48:57

各位老师，在我使用gmx sasa -f md.xtc -s md.tpr -n index.ndx -o sasapro.xvg命令后，虽然能完整输出文件但是会输出There were 258 inconsistent shifts. Check your topology
在我对轨迹进行周期性处理过程中使用gmx trjconv -s md.tpr -n index.ndx -f md.xtc -o md-pbc.xtc -pbc mol -ur rect -center 也会出现这种情况
这是什么原因

新月之痕 · 发表于 Post on 2021-10-12 15:41:13

您好，我也遇到了同样的问题，请问您知道了是什么原因了吗？对计算的准确性有不好的影响吗？

adong · 发表于 Post on 2022-5-30 13:04:46

新月之痕发表于 2021-10-12 15:41
您好，我也遇到了同样的问题，请问您知道了是什么原因了吗？对计算的准确性有不好的影响吗？

请问您这个问题解决了吗？我在使用rdf的时候也出现了同样的提示

新月之痕 · 发表于 Post on 2022-5-31 15:01:35

adong 发表于 2022-5-30 13:04
请问您这个问题解决了吗？我在使用rdf的时候也出现了同样的提示

没记错的话我后来检查改正了一下力场文件问题就解决了，不过我当时是在跑md的时候遇到的同楼主一样的报错，希望能对你有帮助

confidence · 发表于 Post on 2022-5-31 15:21:41

看过sob老师的一个回复，可能是你体系中有无限延伸的分子，此时-pbc mol已经没用了，改为-pbc atom试试应该就不会出现了

adong · 发表于 Post on 2022-5-31 20:51:53

confidence 发表于 2022-5-31 15:21
看过sob老师的一个回复，可能是你体系中有无限延伸的分子，此时-pbc mol已经没用了，改为-pbc atom试试应该 ...

谢谢

，我处理轨迹的时候用的-pbc nojump，我改为-pbc atom试试

punch · 发表于 Post on 2024-3-5 21:15:16

confidence 发表于 2022-5-31 15:21
看过sob老师的一个回复，可能是你体系中有无限延伸的分子，此时-pbc mol已经没用了，改为-pbc atom试试应该 ...

那会对计算结果的准确性有影响吗？还是说必须要处理轨迹

TsZh · 发表于 Post on 2024-6-30 17:12:59

用pbc atom也没有效果，请问有成功解决案例吗？

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[GROMACS] gmx sasa提示There were 258 inconsistent shifts. Check your topology

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