计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1975|回复 Reply: 4
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 自己计算的相互作用能与使用sobEDAw方法给出的相互作用能不符

[复制链接 Copy URL]

15

帖子

0

威望

307

eV
积分
322

Level 3 能力者

本帖最后由 zmeeyhnn 于 2024-7-2 09:55 编辑

各位老师好!我在计算相互作用能和能量分解分析时遇到个问题,使用sobEDAw方法给出的相互作用能与我在orca算的相互作用能完全不一致,甚至正负号都不一样:64.02kcal/mol和 -7.78 kcal/mol的差别
或许自己的两个计算过程都有问题,希望大家帮我看看,感谢!
首先自己计算的相互作用能:
在orca使用wB97M-V/def2-TZVP得到复合物相互作用能为64.02kcal/mol,后来考虑BSSE添加GCP(DFT/TZ)分别计算了3个单点然后手动处理得到的相互作用能还是64.02kcal/mol。
是不是应该尝试另一种在orca中考虑BSSE的方法:手动设置鬼原子,算5个单点然后手动处理。因为有210左右个原子,应该不能考虑counterpoise校正?
sobEDAw得到的相互作用能:
方法基组是 B3LYP-D3(BJ)/6-31+G(d,p) LanL2DZ
sobEDA.sh设置如下

iCP=1 #=1: Using complex basis functions for fragment calculations; =0: Using own basis functions of fragment
sobEDAw=1 #=1: Also show sobEDAw terms using parm_c/a/r defined below ; =0: Do not show
irun=1 #=1: Run Gaussian calculations; =0: Only deal with existing files without actual calculations
idetail=0 #=1: Show detailed energy variation between stages, need additional cost for individually calculating frozen state; =0: Do not show

#Set fitted parameters for calculating sobEDAw terms. Just uncomment those to be actually used
# B3LYP-D3(BJ)/6-31+G(d,p) with iCP=1
parm_c=0.575;parm_a=0.071;parm_r=2.571
......



最终计算结果-7.78kcal/mol result.txt如下

Total interaction energy:     -7.78 kcal/mol

Physical components of interaction energy derived by sobEDA:
Electrostatic (E_els):     -1.69 kcal/mol
Exchange (E_x):      0.26 kcal/mol
Pauli repulsion (E_rep):      1.36 kcal/mol
Exchange-repulsion (E_xrep = E_x + E_rep):      1.62 kcal/mol
Orbital (E_orb):     -1.83 kcal/mol
DFT correlation (E_DFTc):     -0.75 kcal/mol
Dispersion correction (E_dc):     -5.13 kcal/mol
Coulomb correlation (E_c = E_DFTc + E_dc):     -5.87 kcal/mol

Variant of sobEDA for weak interaction (sobEDAw):
Note:   57.52% DFT correlation is combined with dispersion correction to yield a SAPT-like dispersion term
Electrostatic (E_els):     -1.69 kcal/mol
Exchange-repulsion (including scaled DFT correlation):      1.30 kcal/mol
Orbital (E_orb):     -1.83 kcal/mol
Dispersion (E_disp):     -5.56 kcal/mol



EDA计算时考虑过体系中Cs原子的基组选择,想要拟合def2-TZVP下的c\a\r参数,但是S66里面是否包含Cs原子?
含有Cs的体系做sobEDA分析基组如何选择?

附文件 再次感谢!




202407011243545754..png (79.19 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

202407011243545754..png

system.xyz

14.2 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

template.gjf

223 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3

cso.zip

4.56 MB, 下载次数 Times of downloads: 0

out文件

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-7-1 17:49:18 | 只看该作者 Only view this author
要比就在相同级别下比

如果结构已经经过合理优化,相互作用能为那么大值明显不正常。检查SCF收敛情况。是否、怎么考虑BSSE是相对次要的事

sobEDA牵扯到Cs时用def2-TZVP没问题。甭用LanL2DZ那么烂的基组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

15

帖子

0

威望

307

eV
积分
322

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-2 09:53:37 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 zmeeyhnn 于 2024-7-2 17:05 编辑
sobereva 发表于 2024-7-1 17:49
要比就在相同级别下比

如果结构已经经过合理优化,相互作用能为那么大值明显不正常。检查SCF收敛情况。 ...

谢谢sob老师!
结构是在B97-3c下优化好的,out文件中最后的SCF CONVERGED是下面这样的,请问这样是不是不正常的收敛?这个结构刚刚计算出的频率也是有两个虚频。。是不是要在verytightSCF再次优化?
想对色散相互作用进行定量分析是不是应该用sobEDAw而不是sobEDA?
out文件已上传

--------------------------------------------------------------------------------------------
   Iter.        energy            ||Error||_2        Shift      TRadius  Mac/Mic        Rej.
--------------------------------------------------------------------------------------------
WARNING: 3 diagonal Hessian elements are negative!
    0      -6104.664219525172     2.655487e-03                     0.400 (TRAH MAcro)   No
WARNING : negative HOMO - LUMO gap : -0.007899
    0     dE    -3.574273e-07     2.856620e-03    -7.1486e-07      0.000 (TRAH MIcro)
    0     dE    -5.109495e-07     3.665924e-04    -1.0219e-06      0.000 (TRAH MIcro)
    0     dE    -5.204952e-07     7.667045e-05    -1.0410e-06      0.000 (TRAH MIcro)
WARNING: 3 diagonal Hessian elements are negative!
    1      -6104.664220031228     7.712922e-05                           (NR   MAcro)
WARNING : negative HOMO - LUMO gap : -0.007897
    1     dE    -3.623618e-10     3.579171e-05                           (NR   MIcro)
    1     dE    -4.254563e-10     2.060147e-05                           (NR   MIcro)
    1     dE    -4.381144e-10     1.044774e-05                           (NR   MIcro)
    1     dE    -4.420205e-10     3.876396e-06                           (NR   MIcro)
    1     dE    -4.427767e-10     1.511761e-06                           (NR   MIcro)
    1     dE    -4.429818e-10     8.936825e-07                           (NR   MIcro)
WARNING: 3 diagonal Hessian elements are negative!
    2      -6104.664220031331     1.414020e-06                           (NR   MAcro)
WARNING : negative HOMO - LUMO gap : -0.007897

               *****************************************************
               *                     SUCCESS                       *
               *           SCF CONVERGED AFTER  32 CYCLES          *
               *****************************************************

Total Energy       :        -6104.66422003 Eh         -166116.35862 eV
  Last Energy change         ...   -1.0277e-10  Tolerance :   1.0000e-08
  Last Orbital Gradient      ...    1.4140e-06  Tolerance :   1.0000e-05
  Last Orbital Rotation      ...    1.7387e-05

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125156

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-7-2 19:28:39 | 只看该作者 Only view this author
zmeeyhnn 发表于 2024-7-2 09:53
谢谢sob老师!
结构是在B97-3c下优化好的,out文件中最后的SCF CONVERGED是下面这样的,请问这样是不是 ...

SCF收敛了,但不一定确保收敛到了稳定波函数。虚频肯定得消掉
如果你没那么多ORCA的使用经验就都用Gaussian就完了

“色散相互作用进行定量分析” 语义不明
二者的差异在此文里明确说了
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html
sobEDAw只适合用于弱相互作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

15

帖子

0

威望

307

eV
积分
322

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-3 16:18:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-2 19:28
SCF收敛了,但不一定确保收敛到了稳定波函数。虚频肯定得消掉
如果你没那么多ORCA的使用经验就都用Gauss ...

感谢回复!
使用orca是因为体系原子数多200多个用orca优化更快
我是想得到色散作用和静电作用的比值以及色散在总相互作用的占比
谢谢sob老师指导!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 17:45 , Processed in 0.184408 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list