计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 498|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[波函数分析求助] CDA电荷分析与NBO分析电荷转移不一致,怎么解释?

[复制链接 Copy URL]

35

帖子

0

威望

210

eV
积分
245

Level 3 能力者

卢老师,我做电荷分解(CDAGCDA)分析环糊精 与药物分子的电荷转移,输入文件如下

结果电荷转移很小。别人文献一般是0.1ev以上。我做NBO分析时,有三个氢键的E(2) 在8-20(kcal mol-1)之间,有明显的氢键和电荷转移,按照文献可以得出结论,The stability of complexes are principally due to the higher total charge transfer occurred between the lone pairs of oxygen atoms at various donor orbitals and the acceptor antibonding orbitals。审稿人认为怀疑这个结论,该怎么解释?CDA是定性的吧,而且是净电荷转移,NBO分析是具体单个氢键轨道,是不一样的来解释吗?



1.jpg (30.39 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

1.jpg

2.jpg (148 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

result

result

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-6-28 05:02:01 | 只看该作者 Only view this author
要得到准确的片段间电荷转移量,既不该用CDA/GCDA,更不该用E2分析,而必须用Multiwfn通过合理的原子电荷计算方法得到片段电荷
ECDA和CDA/GCDA完全是两码事,提问时不要混淆
转移量多大直接取决于原子电荷计算方法,方法不一样就和别人没有可比性

片段电荷的概念下文说了
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表!
http://sobereva.com/714http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html

基于ADCH原子电荷计算片段电荷的演示视频:
使用Multiwfn计算分子的某个片段的电荷
https://www.bilibili.com/video/av26312703/



北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

35

帖子

0

威望

210

eV
积分
245

Level 3 能力者

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-28 15:28:33 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wilely 于 2024-6-28 18:03 编辑
sobereva 发表于 2024-6-28 05:02
要得到准确的片段间电荷转移量,既不该用CDA/GCDA,更不该用E2分析,而必须用Multiwfn通过合理的原子电荷计 ...

谢谢了。算出来A个片段是 - 0.17,B片段是0.17,表示电子从A转移到B 0.17 e 吗?这个数据比CDA/GCDA更准确吧,用ECDA计算片段原子电荷的方法有文献吗,我好参考答复审稿人。http://sobereva.com/166打不开啊。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2024-6-28 18:18:35 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-6-28 15:28
谢谢了。算出来A个片段是 - 0.17,B片段是0.17,表示电子从A转移到B 0.17 e 吗?这个数据比CDA/GCDA更准 ...

自己的网的问题自己解决,别人都能打开

电子带负电,显然是B向A转移

更准
要么原子电荷,要么片段电荷,没有“片段原子电荷”。ECDA原文是什么在Multiwfn手册里和下文都说了
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

35

帖子

0

威望

210

eV
积分
245

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-30 18:36:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-28 18:18
自己的网的问题自己解决,别人都能打开

电子带负电,显然是B向A转移

我把优化好的复合物结构( 方法;b3lyp/6-31g(d,p) opt(maxstep=20,notrust) freq em=gd3bj POP=nbo nosy
mm)和取出的单体按下面两个方法算能量,1. b3lyp/6-31g(d,p) nosymm pop=full em=gd3bj  IOp(3/33=1),2.一个没加色散 b3lyp/6-311g(d,p) nosymm pop=full  IOp(3/33=1),然后做GCDA分析,结果一个是 -0.0715,第二个是0.0642电子流动相反,而且没加色散的标红色的数字特别大。基于ADCH原子电荷算出来-0.17,与第一个方法比较接近。然后用the electrophilicity-based charge transfer(ECT)算=-1.34,其计算公式里面有复合物的HOMO/LUMO,涉及到轨道混合,估计没多大意义,出来电子流动方向与第二个方法是一致的,以哪个判断电子流动为准?谢谢

1.jpg (654.79 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

1.jpg

2.jpg (543.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 24)

2.jpg

3.jpg (60.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 21)

3.jpg

35

帖子

0

威望

210

eV
积分
245

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-2 09:51:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-28 18:18
自己的网的问题自己解决,别人都能打开

电子带负电,显然是B向A转移

就是算单点时加入色散后(复合物结构优化时加入了色散),得到的电荷转移值变化非常大,是什么原因?

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2024-7-2 19:31:02 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-6-30 18:36
我把优化好的复合物结构( 方法;b3lyp/6-31g(d,p) opt(maxstep=20,notrust) freq em=gd3bj POP=nbo nosy ...

以片段电荷为准,这是对电荷转移量最严格的体现
CDA/GCDA仅仅用来从轨道角度讨论电荷转移内特征,不要拿d-b作为电荷转移量的准确衡量。
ECDA给出的电荷转移量等价于基于Mulliken电荷算的片段电荷的绝对值
ECT公式来计算转移量根本不靠谱
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112351

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2024-7-2 19:32:17 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2024-7-2 09:51
就是算单点时加入色散后(复合物结构优化时加入了色散),得到的电荷转移值变化非常大,是什么原因?

“色散”指代不明,用词不要有含糊性
DFT-D色散校正根本不影响电子结构、不直接影响电子转移量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

35

帖子

0

威望

210

eV
积分
245

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-3 11:38:48 | 只看该作者 Only view this author
好的。谢谢。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 10:15 , Processed in 0.201601 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list