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各位老师好!最近我尝试在linux集群上编译MESMER,但是遇到了一些困难。下面是关于编译环境的一些细节。
slurm version:21.08
gcc version: 10.3.0 configure: ../configure --prefix=/opt/gcc/10.3.0 --disable-multilib --with- gmp=/opt/gnu/gmp/6.2.1 --with-mpfr=/opt/gnu/mpfr/4.1.0 --with-mpc=/opt/gnu/mpc/1.2.1
openmpi version: 4.1.0
MESMER version: Mesmer v6.1
安装过程中,上述所有均通过超算上的module工具加载。在官网上下载源码后,按照手册对其Makefile做了如下修改(增加mpi库和头文件)
LIBS := ../tinyxml/tinyxml.a ../qd/src/lib/libqd.a -L/opt/openmpi/4.1.0/gcc/10.3.0/lib -lmpi
INCS := -I../tinyxml/ -I../qd/include -I/opt/openmpi/4.1.0/gcc/10.3.0/include -pthread
然后按照手册通过运行BuildParallel.sh编译MESMER。编译过程中除了一些警告外,没有发现任何编译错误。但是,当我运行用于测试的示例时,出现了一些像这样的奇怪信息
[cnode001:52645] mca_base_component_repository_open: unable to open mca_coll_hcoll: libibcm.so.1: cannot open shared object file: No such file or directory (ignored)
虽然有上述奇怪的报错,但是检查输出文件发现得到了正确的结果,并行也正常。看起来是缺了某些库,尝试google由于水平受限没有找到解决方法。请问如上情况会影响程序的运行吗?该如何解决?
以下是makefile
Makefile
(7.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)
以下是slurm输出:
slurm-1259025.out
(7.92 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)
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