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[GROMACS] 跑蛋白模拟时,产生相模拟时中途停止

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   各位老师好,在跑蛋白模拟时,能量极小化无法收敛到100,进行限制性动力学,在跑了9500步时中停止,请问是什么问题呢?

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发表于 Post on 2024-7-8 10:25:48 | 只看该作者 Only view this author
这种就是跑崩溃了,请仔仔细细检查em输出和输入文件是不是什么地方结构有问题,如果结构没有明显问题,考虑修改em的integrator,把em跑收敛先。(个人遇到的这种报错,80%以上都是结构文件有问题)

如果结构上怎么都找不到问题,em就是跑不收敛,改pr的mdp文件降低步长再尝试。

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发表于 Post on 2024-7-8 23:26:42 | 只看该作者 Only view this author
老生常谈的问题,照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-9 14:56:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-8 23:26
老生常谈的问题,照着http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8检查

谢谢老师解答,已经找到问题了

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