使用sobtop产生GAFF力场文件，出现.gro和.top原子名不一致的警告

zhuyiyan · 发表于 Post on 2024-10-29 15:18:24

学了一周gromacs,尝试模拟电解液出现一些问题。使用的是2023.2windows版gromacs，用sobtop生成的GAFF力场文件,在生成.tpr文件时出现一个警告，很多行，内容全是 topol.top and conf.gro的原子名不一致，能量最小化和动力学都会出现，感觉不影响，想确认一下。生成的itp的atomtypes加到力场的ffnonbonded里的原子类型末尾了。
turning H bonds into constraints...

atom name 44 in topol.top and conf.gro does not match (C1 - C44)
atom name 44 in topol.top and conf.gro does not match (C1 - C44)

atom name 45 in topol.top and conf.gro does not match (C2 - C45)

atom name 45 in topol.top and conf.gro does not match (C2 - C45)

atom name 46 in topol.top and conf.gro does not match (O3 - O46)

topol.top (245 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 3)

CF3SO3.itp (4.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

PEG.itp (32.53 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

sobereva · 发表于 Post on 2024-10-29 21:21:52

不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

结构文件和拓扑文件之间只需要原子顺序一致，不需要原子名一致

zhuyiyan · 发表于 Post on 2024-10-29 21:35:15

sobereva 发表于 2024-10-29 21:21
不要自己在标题里手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给 ...

好嘞，我看错要求了，谢谢

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[GROMACS] 使用sobtop产生GAFF力场文件，出现.gro和.top原子名不一致的警告