在mof骨架中插入二亚胺配体的限制性优化问题

squirrelS · 发表于 Post on 2024-8-21 14:46:18

本人想要在UiO-68中插入二亚胺体系，通过二亚胺结构中的羰基上的氧原子实现与MOF金属团簇的连接。
均相的二亚胺体系在优化后O原子不位于同一个平面上，如图1.jpg
插入MOF后二亚胺分子的振动带动团簇的振动，导致团簇的变化不符合MOF中规整排列，如图2.jpg，因此采用了限制优化
1 固定了全部Zr O原子如1.gjf
2 固定了全部Zr原子如2.gjf
均得到了合理的结构如图3.jpg。使用最终结构放开限制继续优化团簇的变化仍然不符合MOF中规整排列

在我接下来进一步在Ni位点进行的反应计算时，采用这种限制性优化的方式合理吗

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-22 01:36:38

纠结单个二亚胺优化成什么样没意义，连接上UiO-68之后照样还得重新优化

imasen · 发表于 Post on 2024-8-22 02:32:59

你的mof金属团簇部分结构是有问题的，其中一个配位的羧基在你这里被画成一个水加一个氢氧根了。

squirrelS · 发表于 Post on 2024-8-22 10:15:23

sobereva 发表于 2024-8-22 01:36
纠结单个二亚胺优化成什么样没意义，连接上UiO-68之后照样还得重新优化

感谢sob老师我的目的是想用单一的二亚胺体系做一下同样的反应能垒的计算，和负载之后的非均相结构的反应能垒做一下对比。
我纠结的点就是我目前做的这种限制性优化是否合理呢？
如果合理的话我在优化固定Zr原子的条件下优化结构加了Zr的赝势基组是否就没有意义了呢？

squirrelS · 发表于 Post on 2024-8-22 10:22:31

imasen 发表于 2024-8-22 02:32
你的mof金属团簇部分结构是有问题的，其中一个配位的羧基在你这里被画成一个水加一个氢氧根了。

是的是的忘了用甲酸根封端了感谢提醒

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-22 10:38:16

squirrelS 发表于 2024-8-22 10:15
感谢sob老师我的目的是想用单一的二亚胺体系做一下同样的反应能垒的计算，和负载之后的非均相结构的反应 ...

用不用赝势跟这个是两码事。赝势基组和全电子基组都可以用

对于单一的二亚胺体系，直接放开了优化

squirrelS · 发表于 Post on 2024-8-22 15:12:40

sobereva 发表于 2024-8-22 10:38
用不用赝势跟这个是两码事。赝势基组和全电子基组都可以用

对于单一的二亚胺体系，直接放开了优化

是的老师我目前对单一二亚胺体系是完全放开优化的，包括后续反应Mo Ts的计算也已经完成了。
按照我理解的您的意思，二亚胺插入配体固定Zr原子优化是合理的，我能继续这样算是吗？

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