求助聚酰胺如何产生合适力场的拓扑文件

cgy · 发表于 Post on 2024-7-23 18:00:54

本帖最后由 cgy 于 2024-7-24 10:21 编辑

各位老师好，聚酰胺高分子物质是网状的，不具有链状的规律的分段，是由哌嗪和均苯三甲酸交联而成的。我用sobtop产生GAFF和UFF立场一起的itp文件（由于只用GAFF有缺失，所以用的UFF补全）后进行gromacs的能量最小化，发现一千多步就停止了。但是换为UFF力场后就可以正常能量最小化和退火了，但是我有疑问UFF力场的精度一般，如果用于模拟的话会不会审稿人不通过。或者各位老师有其他力场可以推荐用于聚酰胺，谢谢各位老师。以下为聚酰胺的mol2文件。

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-24 04:58:14

没sobtop具体产生拓扑文件过程的细节，拓扑文件也不提供，没法准确回答
原理上用GAFF不会有问题，连UFF都用不着

cgy · 发表于 Post on 2024-7-24 10:18:50

sobereva 发表于 2024-7-24 04:58
没sobtop具体产生拓扑文件过程的细节，拓扑文件也不提供，没法准确回答
原理上用GAFF不会有问题，连UFF都 ...

对不起老师，我重新编辑了帖子，在原贴中上传了GAFF+UFF组合的itp文件，和聚酰胺膜的gro文件。
最开始我用选项3：GAFF，结果出现 “There are too many atoms (>1000), thus their atom types are not automatically shown. To check their atom types, please manually use option 9 or option -1 in the last interface
1048 atoms do not have atom type currently”这样的报错。我由选择选项2：Assign GAFF atom types first and then UFF, then go to next step，最后产生了原贴中上传的itp文件，在进行能量最小化时出现了“Step=  115, Dmax= 1.3e-06 nm, Epot=  4.99843e+04 Fmax= 7.80600e+04, atom= 5583
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the
requested precision Fmax < 100 (which may not be possible for your system).
It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too
small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we
regard the minimization as converged to within the available machine
precision, given your starting configuration and EM parameters.

Double precision normally gives you higher accuracy, but this is often not
needed for preparing to run molecular dynamics.

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 116 steps,
but did not reach the requested Fmax < 100.
Potential Energy  =  4.9984238e+04
Maximum force    =  8.8973781e+04 on atom 5574
Norm of force    =  1.5325905e+03”的报错。
但是用UFF力场的itp文件对产生的相同的gro文件进行能量最小化和退火和NPT动力学时就可以正常进行。请问老师这是什么原因。

slxc920113 · 发表于 Post on 2024-7-24 14:00:52

你的结构中很多分子还是单体存在的，没有参与聚合。另外如果真的是交联的网络结构，你得保持周期性去生成拓扑文件。

cgy · 发表于 Post on 2024-7-24 14:31:10

slxc920113 发表于 2024-7-24 14:00
你的结构中很多分子还是单体存在的，没有参与聚合。另外如果真的是交联的网络结构，你得保持周期性去生成拓 ...

好的，谢谢您，我交联的时候在MS里面取消了周期性交联的，因为如果是周期性的话在盒子边缘会有断键

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-26 03:54:27

cgy 发表于 2024-7-24 10:18
对不起老师，我重新编辑了帖子，在原贴中上传了GAFF+UFF组合的itp文件，和聚酰胺膜的gro文件。
最开始我 ...

犯了典型错误，仔细看
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4
绝对不要试图直接用sobtop产生含一大堆分子的盒子的拓扑文件，必须每类分子单独产生

cgy · 发表于 Post on 2024-7-26 20:26:54

sobereva 发表于 2024-7-26 03:54
犯了典型错误，仔细看
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ4
绝对不要试图直接用sobtop产生含一大堆分 ...

好的，谢谢社长，我还有一个问题，聚酰胺分子是连成网状的，不像其他聚合物是线型的，可以分割片段来获取RESP电荷，请问这种有不规则分支侧链可能与另一部分相连也可能不相连的聚酰胺分子该如何通过切割片段产生RESP电荷进而产生整个大分子的itp文件

sobereva · 发表于 Post on 2024-7-26 23:36:21

cgy 发表于 2024-7-26 20:26
好的，谢谢社长，我还有一个问题，聚酰胺分子是连成网状的，不像其他聚合物是线型的，可以分割片段来获取 ...

没有简单办法
可以考虑用Multiwfn算的EEM电荷，或者MMFF94电荷，或者自己写sobtop的assign_AT.dat试图根据成键情况指认原子类型和原子电荷

cgy · 发表于 Post on 2024-7-27 10:43:37

sobereva 发表于 2024-7-26 23:36
没有简单办法
可以考虑用Multiwfn算的EEM电荷，或者MMFF94电荷，或者自己写sobtop的assign_AT.dat试图根 ...

好的，谢谢社长指导，我再研究一下

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