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[GROMACS] 使用gmx rms计算蛋白配体复合物的RMSD值,在最小二乘和计算类型的组别该如何选择?

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各位老师好,我的体系是蛋白配体复合物,模拟完成后,使用gmx rms命令想要计算复合物的RMSD值,并且在命令中已经引入-n index,那在之后的最小二乘和计算类型的组别该如何选择?




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发表于 Post on 2024-7-26 04:01:53 | 只看该作者 Only view this author
既然明确是蛋白质-复合物作为一起算RMSD,明显是选Protein_MOL
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-26 12:30:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-26 04:01
既然明确是蛋白质-复合物作为一起算RMSD,明显是选Protein_MOL

最小二乘叠合和计算类型都选Protein_MOL吗?老师

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发表于 Post on 2024-7-26 23:38:40 | 只看该作者 Only view this author
12313 发表于 2024-7-26 12:30
最小二乘叠合和计算类型都选Protein_MOL吗?老师

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-27 13:45:31 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢老师

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