如何已知小肽的序列生成pdb

bdx

已知小肽的序列（包含3个氨基酸），有没有什么在线服务可以直接根据序列生成pdb文件啊
另外，倒是找到一个在线服务可以从序列转换成smiles再转换成pdb，但最后生成的pdb文件里每一个原子归属的氨基酸残基不知道，有没有什么方法可以确定呢

sobereva

https://www.ddl.unimi.it/vegaol/probuilder.htm

bdx

sobereva 发表于 2022-7-19 14:29
https://www.ddl.unimi.it/vegaol/probuilder.htm

谢谢sob老师！

9heihei6

sobereva 发表于 2022-7-19 14:29
https://www.ddl.unimi.it/vegaol/probuilder.htm

老师您好，我使用了您提供的这个网站，但是发现它处理出来的氨基酸结构有缺失，碳原子丢失了，请问是用错了么？
Pubchem下载的谷氨酸SDF格式文件如下：
33032
  -OEChem-08302308433D

19 18  0     1  0  0  0  0  0999 V2000
    1.8673    1.4740   -1.0053 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -3.1163    0.7071    1.0794 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.5878    0.7410    1.0154 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.9184   -0.2347   -0.9789 O   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.6806   -1.7797    0.5894 N   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.1238   -0.6649   -0.7146 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.3856   -0.7970   -0.4512 C   0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.9609   -0.0832    0.4279 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.0137    0.5241   -0.0440 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -2.4156    0.1132    0.0818 C   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.5282   -1.6486   -0.9894 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.2668   -0.0337   -1.6022 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.8836   -1.1268   -1.3708 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.9129   -0.7486    1.2969 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -0.5643    0.8967    0.7156 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.6879   -1.9245    0.6494 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    1.2786   -2.6805    0.3327 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
    2.2713    2.3275   -0.7398 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
   -4.0615    0.8235    0.8441 H   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0
  1  9  1  0  0  0  0
  1 18  1  0  0  0  0
  2 10  1  0  0  0  0
  2 19  1  0  0  0  0
  3  9  2  0  0  0  0
  4 10  2  0  0  0  0
  5  7  1  0  0  0  0
  5 16  1  0  0  0  0
  5 17  1  0  0  0  0
  6  7  1  0  0  0  0
  6  8  1  0  0  0  0
  6 11  1  0  0  0  0
  6 12  1  0  0  0  0
  7  9  1  0  0  0  0
  7 13  1  0  0  0  0
  8 10  1  0  0  0  0
  8 14  1  0  0  0  0
  8 15  1  0  0  0  0
M  END
> <PUBCHEM_COMPOUND_CID>
33032

> <PUBCHEM_CONFORMER_RMSD>
0.6

> <PUBCHEM_CONFORMER_DIVERSEORDER>
1
8
21
16
20
22
11
26
12
29
13
27
14
18
30
4
9
3
25
10
23
5
7
19
17
24
28
2
6
15

> <PUBCHEM_MMFF94_PARTIAL_CHARGES>
13
1 -0.65
10 0.66
16 0.36
17 0.36
18 0.5
19 0.5
2 -0.65
3 -0.57
4 -0.57
5 -0.99
7 0.33
8 0.06
9 0.66

> <PUBCHEM_EFFECTIVE_ROTOR_COUNT>
4

> <PUBCHEM_PHARMACOPHORE_FEATURES>
8
1 1 acceptor
1 2 acceptor
1 3 acceptor
1 4 acceptor
1 5 cation
1 5 donor
3 1 3 9 anion
3 2 4 10 anion

> <PUBCHEM_HEAVY_ATOM_COUNT>
10

> <PUBCHEM_ATOM_DEF_STEREO_COUNT>
1

> <PUBCHEM_ATOM_UDEF_STEREO_COUNT>
0

> <PUBCHEM_BOND_DEF_STEREO_COUNT>
0

> <PUBCHEM_BOND_UDEF_STEREO_COUNT>
0

> <PUBCHEM_ISOTOPIC_ATOM_COUNT>
0

> <PUBCHEM_COMPONENT_COUNT>
1

> <PUBCHEM_CACTVS_TAUTO_COUNT>
1

> <PUBCHEM_CONFORMER_ID>
0000810800000001

> <PUBCHEM_MMFF94_ENERGY>
6.4573

> <PUBCHEM_FEATURE_SELFOVERLAP>
40.714

> <PUBCHEM_SHAPE_FINGERPRINT>
10219947 1 18114172047710138944
10857977 72 15936421056452836647
12897270 3 15554175825776144829
12932741 1 17167865236071508295
12932764 1 18335707092039925015
14390081 3 17847062198721526473
15775835 57 18060704991489316993
19973954 147 18114745928076065853
21040471 1 18270684302234905758
230 275 18410014338180945724
23552423 10 17559964220941829943
3248919 1 18334858337750954131

> <PUBCHEM_SHAPE_MULTIPOLES>
177.34
4.65
1.28
1.04
2.76
0.18
-0.02
-1.11
0.54
-0.87
0.05
0.01
-0.11
-0.5

$$$$
使用obable转PDB如下：
COMPND    33032
AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 3.1.1
ATOM      1  O   GLU A   1       1.867   1.474  -1.005  1.00  0.00           O  
ATOM      2  OE1 GLU A   1      -3.116   0.707   1.079  1.00  0.00           O  
ATOM      3  OXT GLU A   1       2.588   0.741   1.015  1.00  0.00           O  
ATOM      4  OE2 GLU A   1      -2.918  -0.235  -0.979  1.00  0.00           O  
ATOM      5  N   GLU A   1       1.681  -1.780   0.589  1.00  0.00           N  
ATOM      6  CB  GLU A   1      -0.124  -0.665  -0.715  1.00  0.00           C  
ATOM      7  CA  GLU A   1       1.386  -0.797  -0.451  1.00  0.00           C  
ATOM      8  CG  GLU A   1      -0.961  -0.083   0.428  1.00  0.00           C  
ATOM      9  C   GLU A   1       2.014   0.524  -0.044  1.00  0.00           C  
ATOM     10  CD  GLU A   1      -2.416   0.113   0.082  1.00  0.00           C  
ATOM     11  HB1 GLU A   1      -0.528  -1.649  -0.989  1.00  0.00           H  
ATOM     12  HB2 GLU A   1      -0.267  -0.034  -1.602  1.00  0.00           H  
ATOM     13  HA  GLU A   1       1.884  -1.127  -1.371  1.00  0.00           H  
ATOM     14  HG1 GLU A   1      -0.913  -0.749   1.297  1.00  0.00           H  
ATOM     15  HG2 GLU A   1      -0.564   0.897   0.716  1.00  0.00           H  
ATOM     16  H1  GLU A   1       2.688  -1.925   0.649  1.00  0.00           H  
ATOM     17  H2  GLU A   1       1.279  -2.680   0.333  1.00  0.00           H  
ATOM     18  H   GLU A   1       2.271   2.328  -0.740  1.00  0.00           H  
ATOM     19  HE1 GLU A   1      -4.061   0.824   0.844  1.00  0.00           H  
CONECT    1    9   18                                                
CONECT    2   10   19                                                
CONECT    3    9    9                                                
CONECT    4   10   10                                                
CONECT    5    7   16   17                                            
CONECT    6    7    8   11   12                                       
CONECT    7    5    6    9   13                                       
CONECT    8    6   10   14   15                                       
CONECT    9    1    3    3    7                                       
CONECT   10    2    4    4    8                                       
CONECT   11    6                                                      
CONECT   12    6                                                      
CONECT   13    7                                                      
CONECT   14    8                                                      
CONECT   15    8                                                      
CONECT   16    5                                                      
CONECT   17    5                                                      
CONECT   18    1                                                      
CONECT   19    2                                                      
MASTER        0    0    0    0    0    0    0    0   19    0   19    0
END

但是用网站进行序列直接转换的PDB文件如下：
REMARK   4
REMARK   4 File created by VEGA 3.2.1
REMARK   4
ATOM      1  N   GLU     1      -1.489  -0.090   0.000  1.00  0.00
ATOM      2  CA  GLU     1      -0.318  -0.951   0.000  1.00  0.00
ATOM      3  C   GLU     1       0.948  -0.092   0.000  1.00  0.00
ATOM      4  O   GLU     1       0.859   1.134   0.000  1.00  0.00
TER       5      GLU     1
CONECT    1    2
CONECT    2    1    3
CONECT    3    2    4
CONECT    4    3
MASTER        3    0    0    0    0    0    0    0    4    1    4    0
END

12313

sobereva 发表于 2022-7-19 14:29
https://www.ddl.unimi.it/vegaol/probuilder.htm

老师，这个在线工具会给我的多肽小分子添加二级结构，影响分子对接结果，还有没有其他的什么方法既能保留原子归属氨基酸残基信息，又不会添加二级结构？

student0618

可参考 http://sobereva.com/687
其实主流的pymol chimera vmd Avogadro也有用序列建模的工具。
有的对接程序用序列直接跑，如cabsdock