求助：关于lammps对初始结构升温的设定

LU_

大家好，我目前设定了一个聚合物固体的初始结构，进行完能量最小化之后希望升温到目标温度300K并稳定下来，有几个设定不知道该怎么选（自己学的理论还是有点少）真心求解惑！
问题如下：使用bersenden热浴压浴，结合lammps的nve作时间积分：目前我使用了这个方法，时间设定是1ns，我认为是平衡了，但是结果是体系一部分在内，一部分在外，虽然按照周期性边界解释它还没出范围，但是我总觉得怪怪的，我认为是不是会影响我之后的进行的剪切测试？模拟之后如附件。
还有一个问题就是我在lammps是否要生成300K的初速度？因为我目前设置的如下生成了1k的初速度。
第三个问题是我都聚合物体系感觉空隙很大，这个是不是初始结构的锅，还是说是正常的？因为我初始结构只是使用packmol把他们放在一个较为松散的盒子里面。


我的lammps设置如下：
timestep 0.1
thermo 5000  # print per 0.5 ps

variable T_start equal 1.0  # Initial temperature
variable T_end_i equal 300.0  # Target temperature
variable P equal 1.0  # Target pressure

velocity        all create 1.0 4928459 rot yes dist gaussian
# 使用NVE积分器等
fix             mynve all nve
fix             mytemp all temp/berendsen ${T_start} ${T_end_i} 100.0
fix             mypress all press/berendsen iso ${P} ${P} 1000.0
dump 1 all custom 5000 traj_heating2.lammpstrj id mol type x y z ix iy iz

compute int_eng sp10 group/group SMNT_10A
variable interaction_energy equal c_int_eng

#
thermo_style custom step temp press vol density pe ke etotal v_interaction_energy
run 9000000

write_data system_after_heat.data


模拟结果图片：