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[CP2K] CP2K计算LiBH4体系Li空位+掺杂过渡金属的MD过程中出现CPASSERT failed

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各位老师大家好,我的体系是LiBH4体系Li空位+掺杂过渡金属的结构,1、在计算结构优化的时候,结构经常500步不能达到收敛标准,然后我会在续算restart文件里打开初猜波函数关键词,将restart文件改为inp文件,然后扩大步数(改为800步)继续续算,这样一般很快就能达到标准。不知道这样的操作有没有什么问题。2、我以这样的结构优化后的结构来跑MD时,出现了CPASSERT failed报错。具体报错信息如下图。我也在论坛中搜过相关的报错,好像他们的主要是还没开始跑MD就报错了,大部分是输入文件或者结构的问题,而我这种事跑了一段时间,突然就报错了,看着报错的提示好像是热浴那部分的问题,如果哪里表述不清楚还请老师们批评指正。

202407291013204272..png (34.36 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

图1 MD过程中的报错信息

图1 MD过程中的报错信息

001-1Li Co.inp

25.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 3

初试结构优化前的输入文件

restart.inp

34.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

restart续算文件

001-1Li Co-1.restart

34.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

最终收敛的restart文件

001-1Li Co-1.cif

19.77 KB, 下载次数 Times of downloads: 0

最终优化收敛结构文件

md-Co.inp

25.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 2

MD输入文件

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发表于 Post on 2024-7-30 06:14:10 | 只看该作者 Only view this author
1000多K跑带氢的AIMD用1fs不是很稳妥,特别是对于有可能成键断键的情况,尝试减小步长到0.5 fs或更小
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-30 10:19:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-30 06:14
1000多K跑带氢的AIMD用1fs不是很稳妥,特别是对于有可能成键断键的情况,尝试减小步长到0.5 fs或更小

好的,谢谢老师的建议,我下来尝试一下。老师因为我已经算了很多这种在1100K下的带氢体系,timestep都用默认的1fs,不过之前计算的大部分都没有什么明显的报错,那这样的结果还可靠吗?还有一个问题就是,我自己改了restart文件中的截断能(改大一些)和CSVR热浴中timecon(改小了)。这样,有些时候上述报错就会消失,可以正常续算。请问老师这样的做法可行吗,得到的结果暂未出现明显的不合理现象。

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发表于 Post on 2024-7-30 22:01:01 | 只看该作者 Only view this author
gehan 发表于 2024-7-30 10:19
好的,谢谢老师的建议,我下来尝试一下。老师因为我已经算了很多这种在1100K下的带氢体系,timestep都用 ...

可靠性有可能遭审稿人质疑。可以拿一个体系结合0.5 fs跑跑和之前的对比。就算不报错,过大的步长也可能导致动力学行为明显不对。

你说的那种改法解决了问题大概率是巧合,不是原理上解决的办法。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-31 09:39:16 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-7-30 22:01
可靠性有可能遭审稿人质疑。可以拿一个体系结合0.5 fs跑跑和之前的对比。就算不报错,过大的步长也可能导 ...

谢谢老师耐心解答

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