PyMOL对两个分子结构进行叠合后得到的RMSD值，与Gromacs所计算RMSD值的关系

12313 · 发表于 Post on 2024-10-3 21:47:39

各位老师好，最近我在文献中看到，在对蛋白配体复合物进行100ns的分子动力学模拟后，分别提取0ns和100ns的复合物结构，并生成pdb文件，之后导入PyMOL中进行两个结构的叠合并计算RMSD值。想请问各位，这个使用PyMOL叠合后的RMSD值是否等价于100ns对应的复合物RMSD值？

student0618 · 发表于 Post on 2024-10-3 23:28:13

本帖最后由 student0618 于 2024-10-3 23:50 编辑

看上去就是选用不同程序算两个结构间的RMSD吧。
有什么分别要看RMSD的参考帧是否一致、以及不同程序用什么方法、选择了哪些原子叠合哦。
如果真的好奇有实际上有什么分别其实自己直接试一遍也不用一分钟就做完了。

12313 · 发表于 Post on 2024-10-5 09:47:21

student0618 发表于 2024-10-3 23:28
看上去就是选用不同程序算两个结构间的RMSD吧。
有什么分别要看RMSD的参考帧是否一致、以及不同程序用什么 ...

好的，谢谢

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