提取高斯势能面扫描的能量和坐标信息求助

enthalpy · 发表于 Post on 2019-11-3 13:02:10

各位好！有些问题向大家请教：

我用高斯软件（rev 09E）做势能面的柔性扫描。我想提取出每一个扫描步长下弛豫后对应的坐标和能量信息。如果我直接用“Input orientation”
或 “SCF Done”做关键词在高斯的输出软件中搜索匹配的话，会得到所有优化过程的坐标和能量，因为每一个扫描步长都会经过若干个优化
cycles(这个理解应该没有错吧)。请问应该用什么关键词比较合适？

还有一个相关的问题是，如果计算时考虑了隐式水模型，在做势能面分析时通常是否将溶剂化能(自由能)也加进来？

谢谢大家！

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-3 18:08:52

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html），我已把你的标题“提取高斯势能面扫描的能量和坐标信息”改了，以后务必注意，下次将扣分处理！

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-3 18:27:07

没法靠简单关键词直接提取，必须自己写脚本。或者直接用gview把柔性扫描的每一帧批量保存（gview 6保存界面的advanced按钮）。能量直接在观看扫描曲线的界面里导出。

研究自由能面需要加

enthalpy · 发表于 Post on 2019-11-3 19:57:55

sobereva 发表于 2019-11-3 18:08
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出“提问”、“求助”要素（仔 ...

谢谢sob老师提醒，我下次一定会注意。

enthalpy · 发表于 Post on 2019-11-3 20:29:40

sobereva 发表于 2019-11-3 18:27
没法靠简单关键词直接提取，必须自己写脚本。或者直接用gview把柔性扫描的每一帧批量保存（gview 6保存界面 ...

十分感谢sob老师的解答。我之前想说的是通过脚本来提取，但没有表达清楚。我又查看了一下，输出文件中的“Step number $step out of a maximum of $Maximum on scan point $n out of $N" 是可以知道所在扫描过程的第$n点中第$step优化步。我是应该提取处在$n point中优化过程当中能量最小的那一步, 还就是最后一步？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2019-11-4 10:13:19

enthalpy 发表于 2019-11-3 20:29
十分感谢sob老师的解答。我之前想说的是通过脚本来提取，但没有表达清楚。我又查看了一下，输出文件中的 ...

每一步柔性扫描就是一次限制性优化，正常情况下，限制性优化最后一步和优化过程中能量最小的点是相同的

a-Student · 发表于 Post on 2024-8-13 10:29:46

本帖最后由 a-Student 于 2024-8-15 09:48 编辑

sobereva 发表于 2019-11-3 18:27
没法靠简单关键词直接提取，必须自己写脚本。或者直接用gview把柔性扫描的每一帧批量保存（gview 6保存界面 ...

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