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[综合交流] 一篇迄今几乎所有水模型精度的横测文章(JCIM,2021)

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很重要的一张图居然放在SI里了



此测试再次体现OPC是对水的一般性质模拟方面最佳的水模型
总的趋势是越晚提出的水模型整体越好。而早期水模型里,唯独SPC/E可以一战,一枝独秀,很不容易
COMPASS、CVFF描述水够烂的。M$用户模拟水可小心了,说不定以后就被有的审稿人拿这篇怼。
五点水模型的框架实在是不行,某方面改好了,其它方面又烂了,还很贵。

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发表于 Post on 2021-9-28 21:54:04 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2021-9-28 22:00 编辑

一般情况下,文献中常见使用TIP4P/Ice跑冰相关的模拟,已经成了冰模拟的御用模型了。
那么,如果用OPC模型来跑冰相关的模拟,应该也不会有质疑吧?
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-28 22:07:16 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2021-9-28 21:54
一般情况下,文献中常见使用TIP4P/Ice跑冰相关的模拟,已经成了冰模拟的御用模型了。
那么,如果用OPC模型 ...

会质疑
OPC不是算特殊条件的,不可能斗得过专门给特殊问题优化的水模型
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-9-29 18:06:28 | 只看该作者 Only view this author
M$中如果复合模型水设置为柔性SPC/E模型,但只要用COMPASS这些力场对模型优化或者跑动力学,虽然电荷可以设置不变,但键长键角会略微改变,这样水模型就不能严格说水还是SPC/E模型,这样还会受到质疑吗?那怎么保持SPC/E模型呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-29 18:46:51 | 只看该作者 Only view this author
西起的sun 发表于 2021-9-29 18:06
M$中如果复合模型水设置为柔性SPC/E模型,但只要用COMPASS这些力场对模型优化或者跑动力学,虽然电荷可以设 ...

我不用M$不清楚
由于水的刚性很强,柔性的SPC/E和原本的刚性模型应该不会在模拟结果上有什么显著差别
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发表于 Post on 2021-9-30 08:45:10 | 只看该作者 Only view this author
他竟然没比AMOEBA

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发表于 Post on 2022-3-31 11:02:56 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 不想读啦 于 2022-3-31 13:44 编辑
sobereva 发表于 2021-9-28 22:07
会质疑
OPC不是算特殊条件的,不可能斗得过专门给特殊问题优化的水模型

老师,请问,如果我想模拟核酸体系,一般使用三点水中的TIP3P模型,现在因为不知名原因实验室电脑上这个模型被删了,那我使用spc216.gro这样可行性高吗

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发表于 Post on 2022-3-31 14:09:05 | 只看该作者 Only view this author
不想读啦 发表于 2022-3-31 11:02
老师,请问,如果我想模拟核酸体系,一般使用三点水中的TIP3P模型,现在因为不知名原因实验室电脑上这个 ...

三点水模型用的gro文件一般都是spc216.gro,不同水模型的力场参数不一样,但是水分子的坐标一般是一样的。gromacs自带的水的gro只有3个,分别对应3点水4点水和5点水。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-1 00:57:17 | 只看该作者 Only view this author
不想读啦 发表于 2022-3-31 11:02
老师,请问,如果我想模拟核酸体系,一般使用三点水中的TIP3P模型,现在因为不知名原因实验室电脑上这个 ...

spc216.gro适合所有三点水模型
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发表于 Post on 2022-4-1 14:25:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-1 00:57
spc216.gro适合所有三点水模型

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-5-25 12:30:31 | 只看该作者 Only view this author
https://bioinformatics.cs.vt.edu/~izadi/  gmx格式的opc力场文件可以在这里下载

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发表于 Post on 2022-10-17 16:06:36 | 只看该作者 Only view this author
然而后续的很多模型集成做的太差了,本身就用起来不方便,复杂模型的计算代价又是一个问题,要我看来计算代价一致不如用深度学习势的水模型更可靠

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发表于 Post on 2022-11-28 20:43:06 | 只看该作者 Only view this author
无机二维材料跑水的接触角看过的绝大多数是SPC/E和TIP4P/2005的,近几年通过模拟研究石墨烯润湿性的文章我看过的也是这样

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发表于 Post on 2022-12-10 19:19:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 牧生 于 2024-3-14 16:43 编辑

J. Chem. Phys. 157, 014504 (2022); https://doi.org/10.1063/5.0093659

10.1021/acsomega.3c05673

果然有人考虑用opc去跑水合物了。
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发表于 Post on 2023-6-18 16:27:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-1 00:57
spc216.gro适合所有三点水模型

请问老师,在lammps中可以使用OPC模型吗,另外想请问换不同模型是不是改一下ε、σ、键角、键长、k、电荷等参数就行了

本版积分规则 Credits rule

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