使用Multiwfn和VMD计算片段范德华表面积遇到问题

qdluck · 发表于 Post on 2024-9-5 09:08:14

请教问题：计划去定量分析两个同类型分子的支链差异性（两个分子仅一支链存在差异，其他结构均相同），根据《使用Multiwfn和VMD计算分子表面积和片段表面积》案例，计算了支链片段的范德华表面积和整体分子的范德华分子体积，请问可以计算支链片段的范德华分子体积嘛？或者用支链片段和整体的范德华表面积之比，结合整体范德华分子体积，去粗略估算支链片段的范德华分子体积？

sobereva · 发表于 Post on 2024-9-5 10:44:23

用Multiwfn做AIM盆分析可以划分出各个原子空间，某个支链里所有原子范德华体积（AIM原子盆中电子密度>0.001 a.u.的区域）之和就是这个链的范德华体积
参考下文
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179

这里的Volume等同于上面的Vol(rho>0.001)，代表的是盆中电子密度大于0.001的体积，按照Bader对范德华表面的定义，这相当于分子范德华表面内原子所占的体积

qdluck · 发表于 Post on 2024-9-5 10:50:27

好的，明白啦，谢谢老师

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[波函数分析求助] 使用Multiwfn和VMD计算片段范德华表面积遇到问题

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