计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1290|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] 求助orca激发态动力学的热浴设置以及没跑到设的步数就结束的问题

[复制链接 Copy URL]

81

帖子

0

威望

661

eV
积分
742

Level 4 (黑子)

各位老师好,我现在的课题是做一个分子在S1态下的水解路径,其水解过程如下图所示,目前第一步的水解在s0和s1的过渡态已经搜索完毕,对于第二步酰胺水解s0已经搜索完毕,但是对于第二步酰胺键在激发态的水解始终没有搜索过过渡态的结构,因此我想对这两步水解分别做激发态动力学来判断翻译的难易程度,在使用orca做激发态动力学的过程中,我遇到几个问题想请教一下各位老师。
1. 我看到orca中有这样一段话如图2所示,假如现在的初始温度是300,然后热浴温度设置的是400,那我再使用图2的命令第二次上传任务的时候,需要把初始温度即initvel这一项改成400吗,还是说输入文件什么都不该,直接上传。
2.我尝试用orca尝试了一下我的体系,发现并orca并没有跑到我设置的步数就正常结束,我检查了一下log,发现体系的温度,能量等信息不合理,想请教一下各位老师这是什么原因。log文件在附件中。








log

30.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 9

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2024-3-4 12:14:35 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “orca激发态动力学” 改了,以后务必注意!
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2024-3-4 12:19:26 | 只看该作者 Only view this author
1 那叫提交任务

仔细把下文看了,都说了
使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子
http://sobereva.com/576http://bbs.keinsci.com/thread-20800-1-1.html

2 检查任务产生的文本型临时文件末尾内容试图判断
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

81

帖子

0

威望

661

eV
积分
742

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-4 14:30:18 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-3-4 12:19
1 那叫提交任务

仔细把下文看了,都说了

谢谢社长

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)

5#
发表于 Post on 2024-3-4 15:57:13 | 只看该作者 Only view this author
你确定这个分子S1水解速率快于S1态衰变的速率吗?
如果S1态没法在S1态的寿命之内(往往只有几纳秒)水解,那你算S1态水解就是白费功夫,因为现实中发生不了。
另外不是所有反应都可以用AIMD判断难易的,建议仔细阅读https://mattermodeling.stackexch ... t-or-aimd/9026#9026
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

81

帖子

0

威望

661

eV
积分
742

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-4 16:55:30 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-4 15:57
你确定这个分子S1水解速率快于S1态衰变的速率吗?
如果S1态没法在S1态的寿命之内(往往只有几纳秒)水解, ...

谢谢老师的回复,我现在的结果显示在激发态下噁唑环先发生中的CO键断裂,然后再与水反应,能垒分别为2.8 kcal/mol和21.6 kcal/mol。21.6 kcal/mol的能垒的反应应该也不能在激发态的寿命里完成,那不是这个分子很难水解吗,但是实验上,普遍认为这个分子在紫外光照射下,很容易发生水解。这种情况我该怎么办啊?

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)

7#
发表于 Post on 2024-3-4 17:16:11 | 只看该作者 Only view this author
Sui1999 发表于 2024-3-4 09:55
谢谢老师的回复,我现在的结果显示在激发态下噁唑环先发生中的CO键断裂,然后再与水反应,能垒分别为2.8  ...

第一步可逆吗?
第一步显然是足够快的,假如第一步发生以后,体系没法返回到原分子的激发态,也没有其他的低于20kcal/mol的转化途径,那就来得及发生第二步
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

81

帖子

0

威望

661

eV
积分
742

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-3-4 17:40:06 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-3-4 17:16
第一步可逆吗?
第一步显然是足够快的,假如第一步发生以后,体系没法返回到原分子的激发态,也没有其他 ...

好的,谢谢老师,那这个体系确实可以发生第二步反应

5

帖子

0

威望

363

eV
积分
368

Level 3 能力者

9#
发表于 Post on 2024-8-24 10:11:43 | 只看该作者 Only view this author
Sui1999 发表于 2024-3-4 17:40
好的,谢谢老师,那这个体系确实可以发生第二步反应

这个反应涉不涉及s1和s0间的势能面交叉,如果涉及的话AIMD是无法描述的吧

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 01:23 , Processed in 0.263293 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list