计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 175|回复 Reply: 0
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[新手求助] 求助:MOFs的金属Ti节点活化羧酸上的羰基氧,请问一下该过渡态搜索设置是否合理?

[复制链接 Copy URL]

41

帖子

0

威望

116

eV
积分
157

Level 3 能力者

本帖最后由 fuhua 于 2024-8-27 09:58 编辑

各位老师好,想用高斯模拟一个酯化反应的过程,该反应分为五个步骤,第一个步骤为:羧酸的羰基氧被催化剂的金属节点活化,如下图



之前进行了反应物和产物的结构优化,将环己烷一羧酸一异辛酯和催化剂的团簇放在一起作为反应物的结构优化,羰基氧与碳原子间距拉长且连接上羰基氧与金属钛节点作为反应物进行结构优化,以反应物和产物为基准分别进行了TS过渡态的初猜,其中有一个构型收敛了,但是发现虚频比较小,后面也跑了IRC,发现并不是最高点。感觉应该是过渡态没有找对。
请问一下过渡态搜索是哪里设置得不合适吗?或者该过程的构型是否有问题?体系比较大,每一个过程进行得相当耗时,请问有什么方法可以改善吗?
过渡态的初猜结构如下图:

TS过渡态搜索的输入文件如下:
%nprocshared=56
%mem=30GB
%chk=/fs2/home/wangchuan5/test20240821/TS-removeHF/react3.chk
# opt=(calcfc,ts,noeigentest) b3lyp/genecp nosymm

TS

0 1
C                  3.33863700   -3.26793700    3.93923400
C                  4.39282800   -2.57601100    3.06534700
C                  4.27330100   -1.05004900    3.17841700
C                  2.84880100   -0.55991600    2.76847700
C                  1.80862900   -1.26191000    3.67851700
C                  1.93716700   -2.78976900    3.53683100
C                  0.38733000   -0.80507300    3.41597700
O                 -0.41387500   -1.70897800    2.90137600
O                  2.12436600    1.65926300    3.60042700
C                  2.89777400    0.96003100    2.82663800
O                  0.00879200    0.32791200    3.70137000
O                  3.75627200    1.54297000    2.14175400
C                 -1.84991000   -1.42967400    2.65936600
C                 -4.12375600   -2.36665100    2.97736200
C                 -2.61547900   -2.68656400    3.07330700
C                 -5.05313900   -3.49164500    3.46913700
C                 -6.53573400   -3.07558200    3.40772300
C                 -2.18869100   -3.88531600    2.18737900
C                 -2.08154100   -5.21874900    2.95245600
C                 -7.47061400   -4.18939200    3.91686200
H                  3.51749200   -3.04454800    4.98775600
H                  3.39958500   -4.34393100    3.81785300
H                  5.39151000   -2.87478800    3.36544900
H                  4.25174400   -2.84923900    2.02805600
H                  4.98399700   -0.59008200    2.51624800
H                  4.48130100   -0.72686100    4.19489800
H                  2.70352700   -0.83614100    1.72974700
H                  2.01780200   -0.97569200    4.70585000
H                  1.74770900   -3.05718400    2.50553400
H                  1.18054600   -3.26700400    4.14586700
H                  1.23784900    1.25753100    3.85524300
H                 -1.94063000   -1.22227800    1.60638300
H                 -2.12057800   -0.56306200    3.23902500
H                 -4.36283400   -2.13915000    1.94548200
H                 -4.32956000   -1.47443300    3.56513900
H                 -2.36096900   -2.89469100    4.10758000
H                 -4.91647000   -4.37636500    2.85838100
H                 -4.79746500   -3.75482300    4.49155100
H                 -6.79229500   -2.83317600    2.38034400
H                 -6.68327300   -2.17893000    4.00224900
H                 -2.88212200   -3.98726600    1.35973800
H                 -1.21979400   -3.67553000    1.76001500
H                 -1.33001100   -5.14212100    3.73163400
H                 -1.78907500   -6.01448100    2.27542400
H                 -3.01910200   -5.49756300    3.41533700
H                 -7.24319900   -4.43503600    4.94870900
H                 -7.35274600   -5.08792000    3.32061500
H                 -8.50896900   -3.88179200    3.86345200
O                  2.10310600   -4.73971500   -0.44829600
O                 -0.21985800   -4.00541000   -3.30972100
O                  2.01334000   -3.95613000   -3.31256100
O                 -0.13974100   -4.83826400   -0.42308000
Ti                 2.65649000   -2.98692200   -1.53630700
O                  4.35168600   -3.97049500   -1.99846200
Ti                -0.72168000   -3.36930800   -1.56447000
O                 -2.41230200   -4.51226700   -1.80874300
O                  0.80182000   -2.63941600   -1.32142900
C                  1.03066500   -5.21832200   -0.04326600
C                  0.92793800   -4.13463400   -3.88148000
O                 -5.08008300   -1.24203900   -0.24882000
O                 -5.03567000    1.42783800   -2.81842900
O                 -4.48463200   -0.72020600   -3.13672300
O                 -5.62077800    0.92038600    0.00085000
Ti                -3.59403400   -1.24599900   -1.51074200
O                 -4.18975700   -3.16482800   -1.87803800
Ti                -4.14037700    2.06533600   -0.99958100
O                 -5.53805200    3.51896300   -0.96954900
O                 -1.97956300   -2.10218000   -0.66272900
O                 -1.82284300   -1.82918900   -2.16699000
O                 -3.29318000    0.38409800   -1.12058700
C                 -3.64250700   -4.29758400   -1.96550000
C                 -5.76063900   -0.28057100    0.27700600
C                 -4.95857700    0.41444200   -3.52915300
O                  5.73507800    1.78420900    0.51267700
O                  5.16249700    0.56460700   -2.36356800
O                  4.54051400    2.59363000   -1.63723700
O                  5.92648900   -0.41293300    0.14324600
Ti                 3.79222700    2.20391600    0.17708900
O                  4.29289200    4.07239300    0.76290200
Ti                 4.35142100   -0.86415600   -1.11825900
O                  5.72962200   -2.23140800   -1.77669100
O                  3.52719100   -2.20670600   -0.15994900
O                  3.22913800   -1.52705000   -2.39905600
O                  3.49346500    0.57635700   -0.33326000
C                  5.49912000   -3.43676600   -2.06006800
C                  6.36245500    0.68956100    0.56818900
C                  5.03626700    1.80907800   -2.49923100
O                 -2.09409600    5.10542700    1.49411400
O                  0.57126800    5.66055900   -1.07645100
O                 -1.64926700    5.72069500   -1.35693400
O                  0.10981300    5.00051900    1.87653800
Ti                -2.45142800    4.09412200   -0.30647100
O                 -4.17104300    5.18270900   -0.38159700
Ti                 0.88124600    4.26312500    0.24374500
O                  2.49122100    5.38347200    0.77832600
O                 -3.40004300    2.75771100    0.48568600
O                  1.90419000    2.68086900    0.76802100
O                 -3.00172400    3.20931500   -1.79351500
O                  2.15541100    3.07276400   -0.67957700
O                 -0.66564900    3.60141300   -0.13165800
C                 -5.30973900    4.73178800   -0.68314700
C                  3.72318200    5.18175500    0.93706800
C                 -1.09985500    5.22434300    2.23599000
C                 -0.49465300    6.08335800   -1.65060000
H                  0.90801500   -4.43200800   -4.91253500
H                 -6.13784700    5.41460700   -0.69833100
H                 -1.24077400    5.55273900    3.24855800
H                  6.32134800   -4.05317400   -2.37111200
H                 -5.31691900    0.44628300   -4.54045000
H                 -0.35793400    6.81364700   -2.42572900
H                  1.05119800   -6.01989400    0.67209200
H                  7.34207500    0.70733300    1.01027100
H                  4.33132300    6.01327100    1.24353100
H                 -6.50147800   -0.57314100    0.99682700
H                 -4.27376000   -5.14003700   -2.18491600
H                  5.38207700    2.25402600   -3.41398900

C H O 0
6-31G**
****
Ti 0
LANL2DZ
****

Ti 0
LANL2DZ





频率分析如下图,只有一个小虚频,方向不是从反应物走向产物的:

请问一下各位老师,该过程假设是否合理?




本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-24 03:32 , Processed in 0.191860 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list