聚合物缠绕碳纳米管体系的模型怎么搭建？

李小泽 · 发表于 Post on 2024-8-27 15:29:20

请问像这种聚合物缠绕碳纳米管体系的模型怎么搭建，目前有gromacs所需的文件有单独聚合物和单独碳纳米管的，怎么组合起来跑模拟呢

leodennis · 发表于 Post on 2024-8-27 16:11:14

看图的样子这应该是模拟结束时候的构象。如果初始构型使用的是直链聚合物和碳纳米管，用Packmol软件就可以搭建了。"the polymer chain was positioned parallel to the axis of SWCNT"……"the initial structure of the polymer chain was geometrically optimized and randomly placed in the simulation box",平行随机放置在盒子中。

sobereva · 发表于 Post on 2024-8-28 09:06:12

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “GROMACS建立复合物体系的相互作用模型” 改了，以后务必注意！

李小泽 · 发表于 Post on 2024-8-28 18:54:52

sobereva 发表于 2024-8-28 09:06
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的，麻烦社长了，我会注意的

李小泽 · 发表于 Post on 2024-8-28 19:09:29

leodennis 发表于 2024-8-27 16:11
看图的样子这应该是模拟结束时候的构象。如果初始构型使用的是直链聚合物和碳纳米管，用Packmol软件就可以 ...

好的，我想问一下是直接packmol文件写完了，然后导出pdb文件，后面就正常模拟就行是吧

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