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[GROMACS] 进行位置限定时,原子序号发生变化

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我在进行位置限定时,根据em.gro里面的原子序号进行选择,并生成对应的限制.itp。后面就遇到了问题,因为我的蛋白是由三条链组成的,最开始pdb2gmx后会分别生成3条链的itp文件,里面的原子序号和整体蛋白的gro文件里的序号对不上了,导致我位置限定出现错误。我应该怎么解决呢?


3HR2.pdb

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发表于 Post on 2024-8-28 15:59:33 | 只看该作者 Only view this author
自己用计算器,算出来每个分子里面该限制的原子的序号
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-8-28 19:47:04 | 只看该作者 Only view this author
sob老师,是从1开始计算吗?那我计算出来之后和itp如何对应呢?能否具体的讲一下

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