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[GROMACS] 求助有关gmx dipoles命令产生的各种文件具体含义和细节

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各位前辈,第一次用gromacs dipoles命令分析偶极矩,产生了很多文件,不太理解各个文件以及文件里各列的具体含义,请各位前辈指教。

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发表于 Post on 2024-4-14 02:39:01 | 只看该作者 Only view this author
每一列是什么含义在图例里都体现了,用grace基于xvg文件作图,看图例便知
M代表盒子里偶极矩矢量
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-14 11:39:50 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-14 02:39
每一列是什么含义在图例里都体现了,用grace基于xvg文件作图,看图例便知
M代表盒子里偶极矩矢量

老师,有关偶极矩有两个问题想请教一下您。
①我想算一段轨迹里分子偶极矩与法向的夹角cos值随时间的变化,请问怎么实现呢?gmx h2order是基于时间的平均,我想把每一帧都提取出来,不想取平均,请问能实现吗
② h2order命令里-sl是在Z方向划分层数,我想在X方向划分层数,但还是计算与Z轴夹角,请问该怎么实现呢

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发表于 Post on 2024-4-15 06:11:38 | 只看该作者 Only view this author
duzy 发表于 2024-4-14 11:39
老师,有关偶极矩有两个问题想请教一下您。
①我想算一段轨迹里分子偶极矩与法向的夹角cos值随时间的变 ...

1 自己写shell脚本,循环调用h2order,每次用-b和-e指定处理的不同的轨迹时间范围

2 -d选项
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-15 12:49:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-15 06:11
1 自己写shell脚本,循环调用h2order,每次用-b和-e指定处理的不同的轨迹时间范围

2 -d选项

老师,为什么我h2order调用-d选项时-d X、-d Y、-d Z输出文件一模一样没有任何区别呢?(考察X方向加静电场时,水分子偶极矩夹角),命令是gmx h2order -f md.trr -s md.tpr -n md.ndx -sl 30 -d X/d Y/d Z

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发表于 Post on 2024-4-16 01:01:06 | 只看该作者 Only view this author
duzy 发表于 2024-4-15 12:49
老师,为什么我h2order调用-d选项时-d X、-d Y、-d Z输出文件一模一样没有任何区别呢?(考察X方向加静电 ...

老版本的bug,2020.5版开始解决了这个问题
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发表于 Post on 2024-8-28 20:04:38 | 只看该作者 Only view this author
请问你输入的代码是什么

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